| Dokumendiregister | Terviseamet |
| Viit | 13.2-7/25/7038-1 |
| Registreeritud | 10.09.2025 |
| Sünkroonitud | 11.09.2025 |
| Liik | Väljaminev dokument |
| Funktsioon | 13.2 Nakkushaiguste labor |
| Sari | 13.2-7 NHL kirjavahetus |
| Toimik | 13.2-7/2025 |
| Juurdepääsupiirang | Avalik |
| Juurdepääsupiirang | |
| Adressaat | Nova natura OÜ |
| Saabumis/saatmisviis | Nova natura OÜ |
| Vastutaja | Linda Suurmets (TA, Peadirektori asetäitja (2) vastutusvaldkond, Rahvatervise labor, Nakkushaiguste labor) |
| Originaal | Ava uues aknas |
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
A B C D E F G
File Name Marko_BAC_TBEC_2025-05-23 16-44-19_BR204120.pcrd
Created By Useradmin
Notes
ID
Run Started 05/23/2025 13:44:41 UTC
Run Ended 05/23/2025 15:22:39 UTC
Sample Vol 20
Lid Temp 105
Protocol File NameVIASURE Tick Borne Diseases.prcl
Plate Setup File NameVIASURE Tick Borne Diseases Plate.pltd
Base Serial NumberBR204120
Optical Head Serial Number787BR12917
CFX Manager Version3.1.3086.0516.
Well group All Wells
Amplification step 4
Melt step
Well Fluor Target Content Sample Cq Starting Quantity (SQ)
A01 FAM BAC Unkn 283-287
A02 FAM BAC Unkn 323-327 26,99
A03 FAM BAC Unkn 355 29,55
A04 FAM TBEV Unkn 283-287
A05 FAM TBEV Unkn 323-327
A06 FAM TBEV Unkn 363-367
B01 FAM BAC Unkn 288-292 25,21
B02 FAM BAC Unkn 328-332 27,23
B03 FAM BAC Unkn 356
B04 FAM TBEV Unkn 288-292
B05 FAM TBEV Unkn 328-332
B06 FAM TBEV Unkn 368-372
C01 FAM BAC Unkn 293-297 25,66
C02 FAM BAC Unkn 333-337 36,62
C03 FAM BAC Unkn 357
C04 FAM TBEV Unkn 293-297 19,22
C05 FAM TBEV Unkn 333-337
C06 FAM TBEV Unkn 373-374
D01 FAM BAC Unkn 298-302 23,48
D02 FAM BAC Unkn 338-342 27,00
D03 FAM BAC Neg Ctrl EK
D04 FAM TBEV Unkn 298-302
D05 FAM TBEV Unkn 338-342
D06 FAM TBEV Neg Ctrl EK
E01 FAM BAC Unkn 303-307 25,32
E02 FAM BAC Unkn 343-347
E03 FAM BAC NTC NK
E04 FAM TBEV Unkn 303-307
E05 FAM TBEV Unkn 343-347
E06 FAM TBEV NTC NK
F01 FAM BAC Unkn 308-312 29,50
F02 FAM BAC Unkn 348-352
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
A B C D E F G
F03 FAM BAC Pos Ctrl PK BAC 27,35
F04 FAM TBEV Unkn 308-312
F05 FAM TBEV Unkn 348-352
F06 FAM TBEV Pos Ctrl PK TBEV 27,81
G01 FAM BAC Unkn 313-317 37,84
G02 FAM BAC Unkn 353
G04 FAM TBEV Unkn 313-317
G05 FAM TBEV Unkn 353-357
H01 FAM BAC Unkn 318-322 26,65
H02 FAM BAC Unkn 354
H04 FAM TBEV Unkn 318-322
H05 FAM TBEV Unkn 358-362
A01 HEX IC Unkn 283-287 27,45
A02 HEX IC Unkn 323-327 27,96
A03 HEX IC Unkn 355 28,31
A04 HEX IC Unkn 283-287
A05 HEX IC Unkn 323-327
A06 HEX IC Unkn 363-367
B01 HEX IC Unkn 288-292 27,18
B02 HEX IC Unkn 328-332 28,17
B03 HEX IC Unkn 356 28,65
B04 HEX IC Unkn 288-292
B05 HEX IC Unkn 328-332
B06 HEX IC Unkn 368-372
C01 HEX IC Unkn 293-297 27,54
C02 HEX IC Unkn 333-337 28,26
C03 HEX IC Unkn 357 28,51
C04 HEX IC Unkn 293-297
C05 HEX IC Unkn 333-337
C06 HEX IC Unkn 373-374
D01 HEX IC Unkn 298-302 27,60
D02 HEX IC Unkn 338-342 28,00
D03 HEX IC Neg Ctrl EK 29,50
D04 HEX IC Unkn 298-302
D05 HEX IC Unkn 338-342
D06 HEX IC Neg Ctrl EK
E01 HEX IC Unkn 303-307 28,18
E02 HEX IC Unkn 343-347 28,97
E03 HEX IC NTC NK
E04 HEX IC Unkn 303-307
E05 HEX IC Unkn 343-347
E06 HEX IC NTC NK
F01 HEX IC Unkn 308-312 29,20
F02 HEX IC Unkn 348-352 28,56
F03 HEX IC Pos Ctrl PK BAC
F04 HEX IC Unkn 308-312
F05 HEX IC Unkn 348-352
F06 HEX IC Pos Ctrl PK TBEV
G01 HEX IC Unkn 313-317 29,37
G02 HEX IC Unkn 353 28,62
G04 HEX IC Unkn 313-317
G05 HEX IC Unkn 353-357
105
106
107
108
A B C D E F G
H01 HEX IC Unkn 318-322 28,68
H02 HEX IC Unkn 354 28,58
H04 HEX IC Unkn 318-322
H05 HEX IC Unkn 358-362
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
A B C D E F G H I J
File Name Marko_Kirill_TBEV_2025-07-03 16-59-27_BR204120.pcrd
Created By Useradmin
Notes
ID
Run Started 07/03/2025 13:59:51 UTC
Run Ended 07/03/2025 15:37:33 UTC
Sample Vol 20
Lid Temp 105
Protocol File NameVIASURE Tick Borne Diseases.prcl
Plate Setup File NameVIASURE Tick Borne Diseases Plate.pltd
Base Serial NumberBR204120
Optical Head Serial Number787BR12917
CFX Manager Version3.1.3086.0516.
Well group All Wells
Amplification step 4
Melt step
Well Fluor Target Content Sample Cq Well Fluor Target
A01 FAM TBEV Unkn 856-860 A01 HEX IC
A02 FAM TBEV Unkn 896-900 A02 HEX IC
A03 FAM TBEV Pos Ctrl POS TBEV 27,61 A03 HEX IC
A04 FAM BAC Unkn 856-860 30,39 A04 HEX IC
A05 FAM BAC Unkn 896-900 A05 HEX IC
A06 FAM BAC Pos Ctrl POS BAC 28,69 A06 HEX IC
B01 FAM TBEV Unkn 861-865 B01 HEX IC
B02 FAM TBEV Unkn 901-905 B02 HEX IC
B04 FAM TBEV Unkn 861-865 29,40 B04 HEX IC
B05 FAM BAC Unkn 901-905 28,93 B05 HEX IC
C01 FAM BAC Unkn 866-870 C01 HEX IC
C02 FAM BAC Unkn 906-910 C02 HEX IC
C04 FAM TBEV Unkn 866-870 29,12 C04 HEX IC
C05 FAM TBEV Unkn 906-910 C05 HEX IC
D01 FAM TBEV Unkn 871-875 D01 HEX IC
D02 FAM BAC Unkn 911-915 D02 HEX IC
D04 FAM BAC Unkn 871-875 30,09 D04 HEX IC
D05 FAM BAC Unkn 911-915 28,43 D05 HEX IC
E01 FAM TBEV Unkn 876-880 23,93 E01 HEX IC
E02 FAM TBEV Unkn 916-920 E02 HEX IC
E04 FAM TBEV Unkn 876-880 29,80 E04 HEX IC
E05 FAM BAC Unkn 916-920 29,81 E05 HEX IC
F01 FAM BAC Unkn 881-885 F01 HEX IC
F02 FAM BAC Unkn 921-925 F02 HEX IC
F04 FAM TBEV Unkn 881-885 F04 HEX IC
F05 FAM TBEV Unkn 921-925 27,37 F05 HEX IC
G01 FAM TBEV Unkn 886-890 G01 HEX IC
G02 FAM BAC Neg Ctrl EC G02 HEX IC
G04 FAM BAC Unkn 886-890 28,87 G04 HEX IC
G05 FAM BAC Neg Ctrl EC G05 HEX IC
H01 FAM TBEV Unkn 891-895 H01 HEX IC
H02 FAM TBEV NTC NEG H02 HEX IC
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
K L M
Content Sample Cq
Unkn 856-860
Unkn 896-900
Pos Ctrl POS TBEV
Unkn 856-860 28,74
Unkn 896-900 28,30
Pos Ctrl POS BAC
Unkn 861-865
Unkn 901-905
Unkn 861-865 27,86
Unkn 901-905 27,95
Unkn 866-870
Unkn 906-910
Unkn 866-870 28,15
Unkn 906-910 28,40
Unkn 871-875
Unkn 911-915
Unkn 871-875 28,65
Unkn 911-915 27,84
Unkn 876-880
Unkn 916-920
Unkn 876-880 27,94
Unkn 916-920 28,61
Unkn 881-885
Unkn 921-925
Unkn 881-885 28,48
Unkn 921-925 28,15
Unkn 886-890
Neg Ctrl EC
Unkn 886-890 28,11
Neg Ctrl EC 27,77
Unkn 891-895
NTC NEG
53
54
A B C D E F G H I J
H04 FAM BAC Unkn 891-895 H04 HEX IC
H05 FAM BAC NTC NEG H05 HEX IC
53
54
K L M
Unkn 891-895 28,62
NTC NEG
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
A B C D E F
Well Fluor Target Content Sample Cq
A01 FAM TBEV Unkn 876
A02 FAM BAC Unkn 876
B01 FAM TBEV Unkn 877
B02 FAM BAC Unkn 877 31,74
C01 FAM TBEV Unkn 878 22,27
C02 FAM BAC Unkn 878
D01 FAM TBEV Unkn 879
D02 FAM BAC Unkn 879 27,79
E01 FAM TBEV Unkn 880
E02 FAM BAC Unkn 880
F01 FAM TBEV Neg Ctrl EK
F02 FAM BAC Neg Ctrl EK
G01 FAM TBEV NTC NK
G02 FAM BAC NTC NK
H01 FAM TBEV Pos Ctrl PK TBEV 28,16
H02 FAM BAC Pos Ctrl PK BAC 29,15
A01 HEX IC Unkn 876
A02 HEX IC Unkn 876 27,50
B01 HEX IC Unkn 877
B02 HEX IC Unkn 877 27,14
C01 HEX IC Unkn 878
C02 HEX IC Unkn 878 27,77
D01 HEX IC Unkn 879
D02 HEX IC Unkn 879 27,63
E01 HEX IC Unkn 880
E02 HEX IC Unkn 880 28,33
F01 HEX IC Neg Ctrl EK
F02 HEX IC Neg Ctrl EK 28,11
G01 HEX IC NTC NK
G02 HEX IC NTC NK
H01 HEX IC Pos Ctrl PK TBEV
H02 HEX IC Pos Ctrl PK BAC
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
A B C D E F G H I J
Well Fluor Target Sample Cq Well Fluor Target Sample Cq
A01 FAM TBEV ARBO24S-01 A04 HEX IC ARBO24S-01 27,96
B01 FAM TBEV ARBO24S-02 B04 HEX IC ARBO24S-02 27,73
C01 FAM TBEV ARBO24S-03 22,36 C04 HEX IC ARBO24S-03 27,62
D01 FAM TBEV ARBO24S-04 D04 HEX IC ARBO24S-04 27,70
E01 FAM TBEV ARBO24S-05 28,88 E04 HEX IC ARBO24S-05 27,59
F01 FAM TBEV ARBO24S-06 F04 HEX IC ARBO24S-06 27,85
G01 FAM TBEV ARBO24S-07 G04 HEX IC ARBO24S-07 27,65
H01 FAM TBEV ARBO24S-08 H04 HEX IC ARBO24S-08 27,31
A02 FAM TBEV ARBO24S-09 25,44 A05 HEX IC ARBO24S-09 27,44
B02 FAM TBEV ARBO24S-10 B05 HEX IC ARBO24S-10 28,18
C02 FAM TBEV EK C05 HEX IC EK 28,20
D02 FAM TBEV Neg Ctrl D05 HEX IC Neg Ctrl
E02 FAM TBEV Pos Ctrl 27,59 E05 HEX IC Pos Ctrl
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
A B C D E F
Well Fluor Target Content Sample Cq
A01 FAM TBEV Unkn 375-379
A02 FAM TBEV Unkn 415-419
A03 FAM TBEV Unkn 455-459
A04 FAM TBEV NTC NEG
A05 FAM BAC Unkn 375 25,95
A06 FAM BAC Unkn 423
B01 FAM TBEV Unkn 380-384
B02 FAM TBEV Unkn 420-424
B03 FAM TBEV Unkn 460-464
B04 FAM TBEV Pos Ctrl POS TBEV 27,59
B05 FAM BAC Unkn 376
B06 FAM BAC Unkn 424
C01 FAM TBEV Unkn 385-389
C02 FAM TBEV Unkn 425-429
C03 FAM TBEV Unkn 293
C05 FAM BAC Unkn 377 25,57
C06 FAM BAC Neg Ctrl EK
D01 FAM TBEV Unkn 390-394
D02 FAM TBEV Unkn 430-434
D03 FAM TBEV Unkn 294
D05 FAM BAC Unkn 378
D06 FAM BAC NTC NEG
E01 FAM TBEV Unkn 395-399
E02 FAM TBEV Unkn 435-439
E03 FAM TBEV Unkn 295 16,91
E05 FAM BAC Unkn 379 26,92
E06 FAM BAC Pos Ctrl POS BAC 28,72
F01 FAM TBEV Unkn 400-404
F02 FAM TBEV Unkn 440-444
F03 FAM TBEV Unkn 296
F05 FAM BAC Unkn 420
G01 FAM TBEV Unkn 405-409
G02 FAM TBEV Unkn 445-449
G03 FAM TBEV Unkn 297
G05 FAM BAC Unkn 421
H01 FAM TBEV Unkn 410-414
H02 FAM TBEV Unkn 450-454
H03 FAM TBEV Neg Ctrl EK
H05 FAM BAC Unkn 422
A01 HEX IC Unkn 375-379
A02 HEX IC Unkn 415-419
A03 HEX IC Unkn 455-459
A04 HEX IC NTC NEG
A05 HEX IC Unkn 375 25,62
A06 HEX IC Unkn 423 26,30
B01 HEX IC Unkn 380-384
B02 HEX IC Unkn 420-424
B03 HEX IC Unkn 460-464
B04 HEX IC Pos Ctrl POS TBEV
B05 HEX IC Unkn 376 25,74
B06 HEX IC Unkn 424 25,26
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
A B C D E F
C01 HEX IC Unkn 385-389
C02 HEX IC Unkn 425-429
C03 HEX IC Unkn 293
C05 HEX IC Unkn 377 26,12
C06 HEX IC Neg Ctrl EK 27,10
D01 HEX IC Unkn 390-394
D02 HEX IC Unkn 430-434
D03 HEX IC Unkn 294
D05 HEX IC Unkn 378 27,43
D06 HEX IC NTC NEG
E01 HEX IC Unkn 395-399
E02 HEX IC Unkn 435-439
E03 HEX IC Unkn 295
E05 HEX IC Unkn 379 25,89
E06 HEX IC Pos Ctrl POS BAC
F01 HEX IC Unkn 400-404
F02 HEX IC Unkn 440-444
F03 HEX IC Unkn 296
F05 HEX IC Unkn 420 25,25
G01 HEX IC Unkn 405-409
G02 HEX IC Unkn 445-449
G03 HEX IC Unkn 297
G05 HEX IC Unkn 421 26,62
H01 HEX IC Unkn 410-414
H02 HEX IC Unkn 450-454
H03 HEX IC Neg Ctrl EK
H05 HEX IC Unkn 422 26,69
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostajad: J. K. Tamm, L. Suurmets, 26.11.2024
NUKLEIINHAPETE ERALDAMINE MAGMAX VIRAL/PATHOGEN II NUCLEIC
ACID ISOLATION KITIGA (APPLIED BIOSYSTEMS)
1 TÖÖPÕHIMÕTE / MEETODI LÜHIKIRJELDUS
Antud protokoll kirjeldab, kuidas teostada nukleiinhapete eraldust 200 µl-st proovimaterjalist
Terviseameti rahvatervise labori nakkushaiguste osakonnas, kasutades KingFisher Flex
(ThermoFisher) eraldusrobotit. MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation kit on
magneetiliste kerakesete tehnoloogial (Berensmeier, 2006) põhinev nukleiinhapete
puhastamise komplekt. Kiti sisu on loetletud Tabel 1.
Tabel 1 MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation kit (Applied Biosystems) sisu ja säilitamistingimused
Komponent Maht (2000 reaktsiooni) Nõuded säilitamistingimustele
Sidumislahus (Binding Solution) 550 ml
15 ℃ kuni 25 ℃
Pesulahus (Wash Solution) 1000 ml
Elueerimispuhver (Elution Buffer) 100 ml
Proteinaas K (Proteinase K) 10 ml
Magnetkerakesed (Binding Beads) 20 ml
2 TÖÖKÄIK
1. Too analüüsimiseks mõeldud proovid oma töökohale.
2. Loe proovide arv kokku ning koosta eralduse protokoll, arvestades sisse ka eralduse
negatiivse kontrolli (EK).
3. Teosta proovide eeltöötlus laminaari all vastavalt juhendile.
4. Valmista ette ja markeeri 1,5 ml RNaaside vabad mikrotuubid vastavalt protokollis
registreeritud proovide ja kontrollide arvule.
5. Laminaari all sega proovid vorteksil 5 sek vahetult enne.
6. Vala valmistatud mikrotuubidesse kogu eeltöödeldud proov järgides hoolega proovi ja
vastava tuubi märgistus.
7. Valmista pesu- ja elueerimisplaadid ette eelnevalt RNaseZap või analoogse tootega ja 70%
etanooliga puhastatud tööpinnal (NB! puhastusjärjekord oluline) KingFisher Flex jaoks
vastavalt Tabel 1.
8. Ära lisa reaktiive süvenditesse, kus protokolli järgi pole proovimaterjali ega
kontrollmaterjali.
Tabel 1. Proovidest eraldamiseks MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation kitiga vajalik plaatide
komplekt ühe eralduse jaoks KingFisher Flex robotiga
Plaadi nimetus
Plaadi
asukoht
robotil
Plaadi tüüp Reagent Maht per well
Wash 1 2 96 deep-well Wash Buffer 500 µl
Wash 2 3 96 deep-well 80% etanool (vt Märkus 4) 500 µl
Elueerimisplaat 4 96 deep-well Elueerimislahus 50 µl
8.1. Kata valmistatud plaadid ajutise kattega MicroAmp Clear Adhesive Film ning hoia
need toatemperatuuril seni kuni valmistad prooviplaati (NB! kuni 1 tund).
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostajad: J. K. Tamm, L. Suurmets, 26.11.2024
9. Valmista sidumiskerakeste segu vastavalt tööprotokollis registreeritud proovide arvule
puhtal tööpinnal:
9.1. Valmista ette üks 15 ml või 50 ml (sõltuvalt valmistava lahuse lõppkogusest) steriilne
tuub puhtal tööpinnal.
9.2. Sega magnetkerakeste lahus (Binding Beads) vorteksil 30 sek ja veendu, et
magnetkerakeste lahus on homogeenne vahetult enne sidumiskerakeste segu
valmistamist.
9.3. Arvuta vastavalt koostatud protokollile vajalik komponentide maht arvestades 1 proovi
kohta 265 µl sidumislahust (Binding Solution) ja 10 µl magnetkerakeste lahust (Binding
Beads) pluss 10% kadu.
9.4. Sega lahust loksutades seda hoolikalt edasi-tagasi ning jäta valmistatud segu kõrvale
ootele. Väldi mullide teket.
10. Jätka prooviplaadi valmistamisega laminaarkapi all:
Märkus 1*: Sõltuvalt edaspidi rakendatavast meetodist (KJ 9.19) lisa või ära lisa 10 µl sisemist kontrolli.
Märkus 2**: Puukidest nukleiinhapete eraldamisel tuleb kasutada diagnostikumi VIASURE Tick Borne Diseases
Real Time PCR Detection Kit sisemist kontrolli, mille puhul
1) resuspendeeri IC viaal 500 µl nukleaasivaba veega (diagnostikumis sisalduv),
2) jaga IC alikvootideks,
3) lisa 5 µl sisemist kontrolli proovide ja eralduskontrolli süvenditesse.
Märkus 3*: Proteinaas K ja sisemise kontrolli võib segada eelnevalt igal kasutuspäeval ja hoida seejärel jääl.
Proteinaas K ja sisemise kontrolli segu on stabiilne jääl kuni 8 tundi.
10.1. *(Valikuline) Sõltuvalt edaspidi rakendatavast meetodist sega 1,5 ml
mikrotuubis kokku 5 µl Proteinaas K ja 10 µl/**5 µl sisemist kontrolli (IC ehk internal
control) ühe proovi kohta. Arvuta vastavalt protokollis registreeritud proovide arvule
ja uuritavale näitajatele vajamineva lahuse ruumala arvestades alati lahuse lõppmahule
lisaks ühe proovi ruumala.
10.2. Valmista ette puhas 96 deep-well plaat.
10.3. Lisa igasse süvendisse 5 µl proteinaas K lahust või *15 µl/**10 µl proteinaas K
ja sisemise kontrolli segu vastavalt protokollile ja uuritavale näitajale.
10.4. Lisa prooviplaadile 200 µl proovimaterjali vastavalt valmistatud protokollile.
10.5. Lisa 200 µl nukleaasivaba vett negatiivse kontrollmaterjali süvendisse.
10.6. Pööra sidumiskerakeste segu õrnalt 5 korda edasi-tagasi homogeniseerimiseks,
seejärel lisa igasse prooviplaadi süvendisse vastavalt koostatud protokollile 275 µl.
11. Veendu, et KingFisher Flex eraldusrobot on töövalmis õigete varuosadega: „96 deep-well
magnetic head“ ja „96 deep-well heating block“ (seadme kasutusjuhend).
12. Laadi valmistatud plaadid instrumenti vastavalt valitud protokollile (KingFisher Flex
programm MVP_2Wash_200_Flex, ekraanil oranž kategooria „RNA“). Käivita
programm.
13. Oluline: programmi lõppemisel aurustumise vältimiseks eemalda elueerimisplaat
viivitamatult instrumendist, seejärel kata plaat kilega MicroAmp Clear Adhesive Film.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostajad: J. K. Tamm, L. Suurmets, 26.11.2024
14. Peale eraldust või pärast järgmiste analüüside teostamist tõsta eraldatud proovid
elueerimisplaadilt 1,5 ml RNaaside vaba ja low binding mikrotuubidesse või jäta neid plaadi
peale ning säilita (+5±3) ℃ juures jooksva tööpäeva lõpuni või (-24±4) ℃ juures kuni 6
kuud või kuni aasta (-80±5) ℃ juures.
Paldiski mnt 81, 10614 Tallinn telefon +372 794 3500 registrikood 70008799
Paju 2, 50603 Tartu e-post: [email protected] KMKN EE101339803
Akadeemia 2, 80011 Pärnu www.terviseamet.ee EE891010220034796011
Kalevi 10, 30322 Kohtla-Järve viitenumber 2800048574
Piia Kivipõld
Nova natura OÜ
Teie 04.08.2025
Meie 10.09.2025 nr 13.2-7/25/7038-1
OneHealth4Surveillance - koostöö
Certest Biotec
Lugupeetud Piia Kivipõld
Terviseameti Rahvatervise labori nakkushaiguste osakonna (edaspidi NHL)
keskkonnaanalüüside laborispetsialist Linda Suurmest edastab koostöö raames dokumendid,
mis käsitlevad NHL juurutatud meetodite kirjeldusi, tulemusi ja kasutusel olevaid meetodeid.
Antud dokumendid on aluseks puukidest haigustekitajate Borrelia burgdorferi s.l ja
puukentsefaliitviirus tuvastamiseks.
Edastatakse järgmised dokumendid:
1) M_K_TBEV_2025-07-03 16-59-27_BR204120;
2) M_K_TBEV_BAC_03.07.25 rePCR_2025-07-04 14-41-41_BR203384;
3) N_D_puugid ARBO24 EQA_2024-10-08 10-11-53;
4) M_BAC_TBEC_2025-05-23 16-44-19_BR204120;
5) N_N_TBEV_BAC_23.05.25 rePCR_2025-06-10 13-09-46_BR200925;
6) Puukide eeltöötlus nukleiinhapete eraldamiseks_TA_NHL;
7) Nukleiinhapete eraldamine MagMAX Viral Pathogen II Nucleic Acid Isolation kitiga
(Applied Biosystems)_TA_NHL;
8) Puugiliikidest Ixodes ricinus ja Ixodes persulcatus haigustekitajate
tuvastamine_TA_NHL;
9) QCMD proficiency test ARBO24S_EE006_Individual_report_2024.
Punktides 1-5 failid sisaldavad tulemusi (seejuures punktis 3 on toodud välisvõrdluskatse
QCMD ARBO24S tulemused). Punktid 6-8 kajastavad meetodite juhendeid, kus kirjeldatakse
puukide eeltöötlust, seejärel eeltöödeldud puukidest nukleiinhapete eraldamist (välja on toodud
nukleiinhapete eraldamise kit, meetod, protsess) ja lõpuks eraldatud nukleiinhapetest
haigustekitajate tuvastamist. Punktis 9 on toodud eespool mainitud välisvõrdluskatse korraldaja
(QCMD) raport.
Lugupidamisega
(allkirjastatud digitaalselt)
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
PUUGILIIKIDEST IXODES RICINUS JA IXODES PERSULCATUS
HAIGUSTEKITAJATE BORRELIA BURGDORFERI S.L JA
PUUKENTSEFALIITVIIRUSE TUVASTAMINE
1 TÖÖPÕHIMÕTE / MEETODI LÜHIKIRJELDUS
Haigustekitajate tuvastamise materjaliks on puukidest eraldatud nukleiinhapped (NA).
Eraldatud nukleiinhapped on eelduseks Borrelia burgdorferi s.l (BBSL) ning
puukentsefaliitviiruse (ingl. Tick-Borne Encephalitis Virus, TBEV) tuvastamiseks.
Tuvastuskitiks on VIASURE Tick Borne Diseases Real Time PCR Detection Kit. PCR analüüs
viiakse läbi termotsükleris Bio-Rad CFX96 Dx Real-Time System.
2 TÖÖKÄIK
2.1 Sissejuhatus
Meetodi raames kasuta PCR kitti VIASURE Tick Borne Diseases Kit, mis sisaldab kolme
erineva sihtmärkanalüüsi strippe: 1) puukentsefaliitviiruse tuvastamistest – TBEV; 2) Borrelia,
Anaplasma ja Coxiella tuvastamistest – BAC; 3) Rickettsia, Babesia ja Ehrlichia tuvastamistest
– RBE. Antud meetodi tuvastusetapi läbiviimiseks on vajalikud ainult TBEV ja BAC.
Antud meetodi raames kasuta sihtmärkanalüüs TBEV strippe puukentsefaliitviiruse
tuvastamiseks eraldatud nukleiinhapetest. Sihtmärkanalüüs BAC strippe kasuta Borrelia
burgdorferi s.l tuvastamiseks eraldatud nukleiinhapetest. Seega, vali vastavalt näitajatele ja
laborispetsialisti poolt edastatud suunistele õiged sihtmärkanalüüsi stripid.
Tuvastusetapp jaguneb omakorda kaheks: tuvastusetapp üksikproovidega (pt 2.3) ja
tuvastusetapp koondproovidega (pt 2.4). Kui üksikproovide korral eraldatud nukleiinhappeid
ei segata kokku, siis tuvastusetapp koondproovidega protsessi aluseks on eraldatud
nukleiinhapetest 5 kaupa koondproovide moodustamine. Äärmiselt oluline on säilitada
esialgsed eraldatud nukleiinhapete proovid.
Borrelia burgdorferi s.l esinemissagedus on kõrge, mille tõttu vii läbi tuvastusetapp
üksikproovidega (BAC strippidega) antud näitaja suhtes (pt 2.3). Kuna TBEV esinemissagedus
on vastupidiselt väga madal, on puukentsefaliitviiruse tuvastamise protsess järgmine: 1)
tuvastusetapp koondproovidega (pt 2.4), kasutades TBEV strippe; 2) positiivse PCR tulemuse
korral vastava koondproovi moodustava nukleiinhapete analüüsimine üksikproovidena (pt
2.3).
NB! Järgi järgmiseid aspekte:
a) tee valik sihtmärkanalüüside osas vastavalt laborispetsialistilt saadud sisendi alusel;
b) Borrelia burgdorferi s.l tuvastamiseks juhindu üksikproovide meetodist;
c) puukentsefaliitviiruse tuvastamiseks juhindu esmalt koondproovide meetodist ja
positiivsete tulemuste korral vastavate proovide korral üksikproovide meetodist;
d) ettevalmistusetapp peab eelnema nii üksikproovidega kui ka koondproovidega
tuvastusetapile;
e) konsulteeri vajadusel laborispetsialistiga.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
2.2 Ettevalmistusetapp
1. Kontrolli POS reagendi olemasolu ja vajadusel valmista antud reagent.
2. Valmistamiseks pipeteeri POS viaalile 300 µl WATER reagenti.
3. Sega POS viaali vorteksil 15 sek ja jaga vajadusel alikvootideks. Kasutades
sügavkülmas hoiustatud POS alikvooti, las sel enne kasutamist toatemperatuuril üles
sulada. Sega 5 sekundit vorteksil ja tsentrifuugi reagent põhja 5 sekundit, 2800 rpm.
4. Koheseks kasutamiseks mõeldud POS reagent jääb laminaari alla.
2.3 Tuvastusetapp üksikproovidega
Eraldusetapis proovidele ja eralduskontrollile lisatava IC amplifikatsiooni signaal on nähtav
ainult BAC strippidest, mille tõttu tuleb TBEV sihtmärkanalüüsi puhul sisemisekontrolli
tuvastamiseks kasutada TBEV strippidele lisaks BAC strippe! Kui nukleiinhappe proovist on
vajadus tuvastada ainult puukentsefaliitviirust, siis pole vaja arvestada BAC strippidel tuube
positiivse ja negatiivse kontrolli jaoks, kuid kindlasti on vajalik arvestada BAC stripil proovide
ja eralduskontrolli jaoks tuubid.
1. Tee vastavalt eraldatud nukleiinhapete proovide ja lisatavate kontrollide arvule
kindlaks strip-tuubide arv.
2. Tsentrifuugi (2000 rpm, 15 sekundit) strippides sisalduv lüofiliseeritud pulber tuubi
põhja.
2.3.1 Tegevus puhtas ruumis
3. Sega REHYD reagenti vorteksil 5 sekundit ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5
sekundit, 2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
4. Resuspendeeri 15 µl REHYD reagenti proovidele ja vajaminevatele kontrollidele
mõeldud kas BAC või BAC ja TBEV tuubides (Tabel 2, Joonised 3-5).
Tabel 1. Valmis arvutatud REHYD reagendi kogused vastavalt proovide ja kontrollide arvule.
BAC sihtmärkanalüüs (Joonis 3)
NA proovide arv Kontrollide arv Kasutatavate
tuubide arv kokku
REHYD reagendi
maht (15µl/tuub)
Reagendi kogumahu
arvutamise valem
1 3 4 60 µl = 15 µ ∗ ( + + + ),
kus x on NA proovidele
kuluv tuubide arv ja POS,
NEG ning EK märgistavad
kõik ühte tuubi kontrolli
jaoks.
2 3 5 75 µl
5 3 8 120 µl
10 3 13 195 µl
15 3 18 270 µl
20 3 23 345 µl
25 3 28 420 µl
TBEV (BAC stripi kasutamine vajalik EK ja proovide osas) sihtmärkanalüüs (Joonis 4)
NA proovide arv Kontrollide arv Kasutatavate
tuubide arv kokku
REHYD reagendi
maht (15µl/tuub)
Reagendi kogumahu
arvutamise valem
1 4 6 90 µl = 15 µ ∗ (2 + + + 2), kus NA proovidele kuluvate
tuubide ja EK üks tuub on
kahekordistatud.
2 4 8 120 µl
5 4 14 210 µl
10 4 24 360 µl
15 4 34 510 µl
20 4 44 660 µl
25 4 54 810 µl
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
TBEV ja BAC sihtmärkanalüüsid (Joonis 5)
NA proovide arv Kontrollide arv Kasutatavate
tuubide arv kokku
REHYD reagendi
maht (15µl/tuub)
Reagendi kogumahu
arvutamise valem
1 6 8 120 µl = 15 µ ∗ 2( + + + ), kus NA proovidele kuluvate
ja kõigi kontrollide tuubide
arv on kahekordistatud.
2 6 10 150 µl
5 6 16 240 µl
10 6 26 390 µl
15 6 36 540 µl
20 6 46 690 µl
25 6 56 840 µl
Joonis 1. Illustratsioon REHYD reagendi lisamisest BAC sihtmärkanalüüsi tarbeks BAC strip-tuubidesse, kui
proove on 2. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA proovile tähisega 1; 2 – tuub NA proovile tähisega
2; EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS – positiivse kontrolli tuub; NEG – negatiivse kontrolli
reagendi tuub.
Joonis 2. Illustratsioon REHYD reagendi lisamisest TBEV sihtmärkanalüüsi tarbeks nii TBEV kui ka BAC strip-
tuubidesse, kui proove on 2. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA proovile tähisega 1; 2 – tuub NA
proovile tähisega 2; EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS – positiivse kontrolli tuub; NEG –
negatiivse kontrolli reagendi tuub.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
Joonis 3. Illustratsioon REHYD reagendi lisamisest BAC ja TBEV sihtmärkanalüüsi tarbeks BAC ning TBEV
strip-tuubidesse, kui proove on 2. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA proovile tähisega 1; 2 – tuub
NA proovile tähisega 2; EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS – positiivse kontrolli tuub; NEG
– negatiivse kontrolli reagendi tuub.
5. Sega NEG reagenti vorteksil 5 sekundit ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5 sekundit,
2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
6. Lisa 5 µl NEG reagenti vastava(te)sse BAC või BAC ja TBEV negatiivse kontrolli
jaoks mõeldud tuubi(desse).
7. Kaaneta (CAP) kõik tuubid, et vältida ruumide vahel liikudes ristsaastet.
2.3.1.1 Tegevus kokkusegamisruumis
8. Kokkusegamisruumis ava laminaari all eelnevalt kaanetatud sihtmärkanalüüsi(-de)
proovimaterjali jaoks mõeldud strip-tuubid. NEG tuubid jäta kaanetatuks!
9. Lisa strip-tuubidesse 5 µl eraldatud nukleiinhappe proovimaterjali vastavalt eelnevalt
arvestatud infole.
10. Lisa EK strip-tuubi 5 µl EK reagenti vastavalt arvestatud infole. Iga sihtmärkanalüüsi
korra kohta peab lisama ühe EK kontrolli!
11. Kaaneta proovimaterjale ja EK reagenti sisaldavad strip-tuubid.
12. Sega POS reagenti 5 sekundit vorteksil ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5 sekundit,
2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
13. Lisa eelnevalt resuspendeeritud POS reagenti 5 µl selleks ettenähtud tuubi(-desse).
14. Kaaneta ettevaatlikult POS tuub(-id).
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
15. Joonised 6-8 illustreerivad proovide ja reagentide lisamise süsteemi vastavalt valitud
sihtmärkanalüüsidele.
Joonis 6. Illustratsioon NA proovide ja NEG, POS ning EK lisamisest BAC ja TBEV sihtmärkanalüüsi tarbeks
nii BAC kui ka TBEV strip-tuubidesse, kui proove on 2. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA
proovile tähisega 1; 2 – tuub NA proovile tähisega 2; EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS –
positiivse kontrolli tuub; NEG – negatiivse kontrolli reagendi tuub.
16. Kontrolli, et kõik strip-tuubid on korralikult kaanetatud ja suundu nendega
seadmeruumi.
2.3.1.2 Tegevus seadmeruumis
17. Tsentrifuugi reaktsioonisegu strip-tuubides põhja (2000 rpm, 15 sekundit).
18. Ava Bio-Rad CFX 96 termotsükleri kaas, vajuta seadme esipaneelil olevale nupule →
aseta proovid analüsaatorisse → vajuta uuesti esipaneelil olevale nupule (kaas sulgub).
Joonis 5. Illustratsioon NA proovide ja NEG, POS
ning EK lisamisest BAC sihtmärkanalüüsi tarbeks
BAC strip-tuubidesse, kui proove on 2. Tähised
joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA proovile
tähisega 1; 2 – tuub NA proovile tähisega 2; EK –
nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS –
positiivse kontrolli tuub; NEG – negatiivse
kontrolli reagendi tuub.
Joonis 4. Illustratsioon NA proovide ja NEG, POS
ning EK lisamisest TBEV sihtmärkanalüüsi tarbeks
nii TBEV kui ka BAC strip-tuubidesse, kui proove on
2. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1 – tuub NA
proovile tähisega 1; 2 – tuub NA proovile tähisega 2;
EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub;
POS – positiivse kontrolli tuub; NEG – negatiivse
kontrolli reagendi tuub.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
19. Kliki arvuti desktopil ikoonile Bio-Rad CFX 96 → avaneb Startup Wizard → vali User-
Defined
20. Avaneb Run Setup aken → vali Express Load ja sealt sobiv protokoll (VIASURE Tick
Borne Diseases) → Next.
21. Vali sobiv Plate (VIASURE Tick Borne Diseases Plate) → Next → kontrolli, et kõik
vastab vajalikele tingimustele (programm on näidatud Tabel 3) ja vajuta Start Run →
salvesta fail arvuti töölaual olevasse vastava uuringu kausta.
Tabel 2. Puukentsefaliitviiruse ja Borrelia burgdorferi s.l tuvastamiseks kasutatav PCR programm VIASURE
Tick Borne Diseases Bio-Rad CFX termotsükleri(te)s.
Samm Etapp Temperatuur Aeg Tsüklite arv
1 Pöörd-transkriptsioon 45 °C 15 min 1
2 Eeldenaturatsioon 95 °C 2 min 1
3
Denaturatsioon 95 °C 10 s
45 Annealing (praimerite sulandumine) 60 °C 50 s
Elongatsioon
22. Kui analüsaatoril on programm käivitunud, siis vali sama akna rippmenüüst Real-Time
Status → vali Plate Setup → View/Edit Plate → eemalda mittevajalikud positsioonid
(Clear Wells) → märgi plaadil proovid, EK, POS ja NEG kontrollid.
23. Termotsükleri töö lõppedes tühjenda seade strippidest ja salvesta analüüsifail.
24. Jätka tööd pt 2.5 alusel, mis kirjeldab tulemuste interpretatsiooni.
2.4 Tuvastusetapp koondproovidega
Protsess vii läbi VIASURE Tick Borne Diseases Kit kiti sihtmärkanalüüsi TBEV strippidega,
mille puhul BAC strippe on vaja kasutada ainult IC signaali tuvastamiseks.
Kui nukleiinhapete proove, millest tehakse koondproovid, on vaja analüüsida ka Borrelia
burgdorferi s.l osas, siis esmalt lisada üksikute nukleiinhapete proovid BAC stripis
vastavatesse tuubidesse (pt 2.3). Seejärel tegutseda pt 2.4 juhiste järgi.
2.4.1 Tegevus puhtas ruumis
1. Juhindu sellest, et ühe koondproovi moodustavad 5 üksikut eraldatud nukleiinhapete
proovi (Tabel 4).
2. Kui üksikute eraldatud nukleiinhapete proovide koguarv ei jagune täpselt viiega, tuleb
koondproovi moodustamisel võtta aluseks (5±4) eraldatud nukleiinhapete proovi (s.t
moodustada minimaalselt 1 ja maksimaalselt 9 eraldatud nukleiinhappega
koondproov).
3. Tsentrifuugi (2000 rpm, 15 sekundit) strippides sisalduv lüofiliseeritud pulber tuubi
põhja.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
Tabel 3. Näited üksikute proovide ja koondproovide seotusest ning koondproovide moodustamise süsteemist.
Analüüsi teostamise
kuupäev Proovi ID Koondproovi ID
Koondproovi
moodustavate proovide
ID
11.08.2024
1
k1
k1 koondproov moodustub
proovide 1, 2, 3, 4 ja 5
nukleiinhapetest.
2
3
4
5
EK k_EK Kõik kontrollid tuleb eraldi
analüüsi juurde lisada. POS k_POS
NEG k_NEG
31.09.2024
6
k2
k2 koondproov moodustub
proovide 6, 7, 8, 9 ja 10
nukleiinhapetest.
7
8
9
10
EK k_EK Kõik kontrollid tuleb eraldi
analüüsi juurde lisada. POS k_POS
NEG k_NEG
30.12.2024
110
kN
kN koondproov moodustub
proovide 110, 111 ja 112
nukleiinhapetest.
111
112
EK k_EK Kõik kontrollid tuleb eraldi
analüüsi juurde lisada. POS k_POS
NEG k_NEG
NB! Koondproovi moodustamiseks ei tohi kasutada kontrolle (NEG, POS ja EK). Kontrollid
tuleb lisada üksikult strip-tuubidesse koondproovide analüüsimisel. Ühe koondproovi kohta
arvesta üks tuub sihtmärkanalüüsi stripist.
4. Sega REHYD reagenti vorteksil 5 sekundit ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5
sekundit, 2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
5. Resuspendeeri 15 µl REHYD reagenti proovidele ja kontrollidele mõeldud tuubides.
6. Sega NEG reagenti vorteksil 5 sekundit ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5 sekundit,
2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
7. Lisa 5 µl NEG reagenti antud kontrolli tuubi.
8. Kaaneta (CAP) kõik tuubid, et vältida ruumide vahel liikudes ristsaastet.
2.4.2 Tegevus kokkusegamisruumis
9. Valmista koondproovid järgmiselt: pipeteeri viiest järjestikuste proovinumbritega
üksikproovist 5 µl eraldatud nukleiinhapete proovi steriilsesse mikrotuubi (1,5 ml). Ühe
koondproovi maht on seega standardolukorras 25 µl.
10. Nukleiinhapete segamiseks mikrotuubis resuspendeeri pipetiga aeglaselt
proovimaterjali. Väldi vahu tekitamist!
11. Kaaneta mikrotuubid kindlalt ja korrektselt.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
12. Ava laminaari all eelnevalt kaanetatud sihtmärkanalüüsi koondproovimaterjali jaoks
mõeldud strip-tuubid. NEG tuubid jäta kaanetatuks!
13. Lisa strip-tuubidesse 5 µl koondproovimaterjali vastavalt koondfaili infole. S.t TBEV
sihtmärkanalüüsi stripist vastab üks tuub ühele koondproovile.
14. Lisa EK jaoks mõeldud strip-tuubi 5 µl EK vastavalt koondfaili infole.
15. Kaaneta proovimaterjale ja EK reagenti sisaldavad strip-tuubid.
16. Sega POS reagenti 5 sekundit vorteksil ja tsentrifuugi vedelik tuubi põhja 5 sekundit,
2800 rpm kasutades mini tsentrifuug/vorteksit.
17. Lisa eelnevalt resuspendeeritud POS reagenti 5 µl selleks ettenähtud tuubi(-desse).
18. Kaaneta ettevaatlikult POS tuub(-id).
19. Joonis 9 illustreerib koondproovide moodustamise ning proovide ja reagentide lisamise
süsteemi.
Joonis 7. Illustratsioon koondproovidega teostatavast TBEV sihtmärkanalüüsist, kui koondproovi moodustavaid
NA proove on viis. Tähised joonisel tähendavad järgmist: 1-5 – tuubid NA proovidele tähisega 1-5; k1 – viiest
NA proovist moodustatud koondproov tähisega k1; EK – nukleaasivaba vee ehk eralduskontrolli tuub; POS –
positiivse kontrolli tuub; NEG – negatiivse kontrolli reagendi tuub.
20. Kontrolli, et kõik strip-tuubid on korralikult kaanetatud ja suundu nendega
seadmeruumi, jätkates protsessi pt 2.3.1.2 alusel.
2.5 Tulemuste interpretatsioon
1. Sisemisekontrolli (IC) amplifikatsioonisignaal asub HEX kanalis ning on nähtav ainult
BAC stripi-tuubidest.
2. Nii BAC kui ka TBEV sihtmärkanalüüside proovide ja positiivse, negatiivse ning
eralduskontrolli signaalid asuvad FAM kanalis, nähtavad vastavalt BAC stripi-
tuubidest ja TBEV stripi-tuubidest.
3. Esmalt tuleb vaadata kontrollide amplifikatsioonisignaalide tulemusi ja Ct väärtuseid:
a. IC kontrollimiseks vaja muuta aktiivseks väljaks BAC stripi-tuubid ja kanal HEX.
Ct väärtus peab olema <40 (Joonis 10).
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
b. BAC ja TBEV sihtmärkanalüüside positiivse, negatiivse ja eralduskontrolli
signaalid on nähtavad kanalis FAM ja juhul kui antud kontrollide väljad on
aktiivseks tehtud. POS puhul peab Ct väärtus olema <40 ja EK ning NEG puhul
peab Ct väärtus puuduma (N/A) (Joonis 11).
Joonis 8. Illustratsioon IC kontrollimisest, kus valitud on HEX kanal (linnukene HEX kanali kastis) ja aktiivseks
on muudetud BAC stripi-tuubid (sinaka värvusega on aktiivsed väljad ja halli värvusega inaktiivsed väljad). Ct
väärtused on nähtavad parempoolses tabelis veerus pealkirjaga Cq.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 28.04.2025
Joonis 9. Illustratsioon POS, NEG ja EK kontrollimisest, kus valitud on FAM kanal (linnukene FAM kanali
kastis) ja aktiivseks on muudetud nii BAC kui ka TBEV stripi-tuubid (sinaka värvusega on aktiivsed väljad). Ct
väärtused on nähtavad parempoolses tabelis veerus pealkirjaga Cq.
4. Kui kontrollide tulemused on usaldusväärsed, siis saab hinnata proovide
amplifikatsiooni tulemusi:
a. Proov on Borrelia burgdorferi s.l osas positiivne, kui BAC stripi-tuubis on proovil
amplifikatsioonikõver, Ct väärtus on väiksem kui 40 ja kontrollide tulemused on
korras (IC signaal on olemas, positiivse kontrolli signaal on olemas, negatiivse
kontrolli signaal puudub).
b. Proov on Borrelia burgdorferi s.l osas negatiivne, kui BAC stripi-tuubis ei ole
proovil amplifikatsioonikõverat või Ct väärtus on üle 40 ja kontrollide tulemused
on korras (IC signaal on olemas, positiivse kontrolli signaal on olemas, negatiivse
kontrolli signaal puudub).
c. Proov on puukentsefaliitviiruse osas positiivne, kui TBEV stripi-tuubis on proovil
amplifikatsioonikõver, Ct väärtus on väiksem kui 40 ja kontrollide tulemused on
korras.
d. Proov on puukentsefaliitviiruse osas negatiivne, kui TBEV stripi-tuubis ei ole
proovil amplifikatsioonikõverat või Ct väärtus on üle 40 ja kontrollide tulemused
on korras (IC signaal BAC stripis on olemas, positiivse kontrolli signaal on TBEV
stripis olemas, negatiivse kontrolli signaal puudub).
e. PCR tulemus on läbikukkunud ja vajab kordamist, kui 1) negatiivsel kontrollil on
amplifikatsioonikõver ja/või 2) positiivsel kontrollil ei ole amplifikatsioonikõverat.
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 26.11.2024
PUUKIDE EELTÖÖTLUS NUKLEIINHAPETE ERALDUSEKS
1 TÖÖPÕHIMÕTE / MEETODI LÜHIKIRJELDUS
Meetodi materjaliks on eelnevalt morfoloogiliselt või muul meetodil määratud I. ricinus ja I.
persulcatus. Nukleiinhapete eraldamiseks tuleb esmalt ultrasügavkülmikus (-80±5) °C juures
säilitatud koondproovidel lasta toatemperatuurini sulada. Seejärel eraldada eeltöödeldud
koondproovid üksikproovideks ja need homogeniseerimisseadmega steriilsetes
homogeniseerimistuubides lüüsipuhvriga lõhustada. Homogeniseeritud materjal tuleb
tsentrifuugida, mis võimaldab eraldada pealislahuse (ingl. supernatant). Edasises etapis
eraldatakse pealislahusest nukleiinhapped.
2 TÖÖKÄIK
2.1 Algmaterjali homogeniseerimise etapp
1. Too (-80±5) °C juures säilitatud algmaterjal laminaarkapi alla toatemperatuurile
sulama. Arvesta sulamisel (15±5) minutiga.
2. Märgista homogeniseerimistuubid.
3. Kui koondproovideks jaotatud algmaterjal on üles sulanud, too eelnevalt tähistatud
homogeniseerimistuubid laminaarkapi alla.
4. Pipeteeri puukide jaoks mõeldud tuubidesse ja EK (eralduskontroll) tuubi 50 µl Lysis
Solution RL lüüsipuhvrit.
5. Tõsta steriilse külviaasaga (1 µl) üks puuk vastavalt tähistatud homogeniseerimistuubi.
6. Sule kõik homogeniseerimistuubid korralikult ja lae homogeniseerimisseadme Mixer
Mill Type MM 301 adapterplaadid.
7. Vii läbi esimene homogeniseerimise tsükkel, valides ajaks 1 minut ja 30 sekundit ning
sageduseks 25.
8. Esimese tsükli lõppedes pööra adapterplaadid teisele küljele ja vii läbi teine
homogeniseerimise tsükkel sama aja ja sagedusega.
9. Teise tsükli lõppedes kontrolli visuaalselt materjali homogeniseerituse astet – vajadusel
korda homogeniseerimise tsükleid.
10. Homogeniseerimist on vaja korrata, kui visuaalselt on märgata, et puugi kest ei ole
purunenud või on ainult osaliselt purustatud. Homogeniseerimise tsüklid võib lõpetada,
kui ei ole võimalik enam puugi kehaosasid eristada ja materjal on täielikult lõhustatud.
11. Eemalda adapterplaadid seadmest ja homogeniseerimistuubid plaatide vahelt.
12. Vii lõhustatud materjaliga homogeniseerimistuubid uuesti laminaarkapi alla.
13. Pipeteeri lõhustatud puuke sisaldavatesse tuubidesse ja EK tuubi lisaks 400 µl
lüüsipuhvrit.
14. Inkubeeri proove toatemperatuuril termomikseril 30 minutit, 450 rpm.
15. Inkubeerimise lõppedes tsentrifuugi homogeniseerimistuubid tsentrifuugis 10 000 x rcf
(g), 2 minutit.
16. Valmista ette steriilsed mikrotuubid (1,5 ml), mis märgista homogeniseerimistuubide
järjekorranumbritega ja EK tähistusega.
17. Pipeteeri laminaarkapi all 420 µl pealislahust ja EK sisu vastavalt tähistatud
steriilsetesse mikrotuubidesse (1,5 ml).
Terviseamet
Rahvatervise labor
Nakkushaiguste osakond
Koostaja: L. Suurmets, 26.11.2024
18. Vii 1,5 ml mikrotuubid pealislahustega külmkappi (5±3) °C juurde ootele kui analüüs
jätkub samal päeval.
19. Alternatiivselt võib säilitada pealislahuseid (-24±4) °C juures külmkapis kuni 6 kuud
või (-80±5) ºC ultrasügavkülmikus kuni 1 aasta.
Panel Composition
Sample Code
Sample Content Matrix Sample Relationships
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-01 Rift Valley Fever virus
Transport Medium
- 37.9 11 3.4 1 58.6 17
ARBO24S-02 Negative Transport Medium
- 96.6 28 3.4 1 N/A 0
ARBO24S-03 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_1 75.9 22 6.9 2 17.2 5
ARBO24S-04 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_2 55.2 16 3.4 1 41.4 12
ARBO24S-05 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_3 75.9 22 6.9 2 17.2 5
ARBO24S-06 Sandfly Fever Virus Toscana
Transport Medium
DS2_1 31 9 6.9 2 62.1 18
ARBO24S-07 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_1 55.2 16 3.4 1 41.4 12
ARBO24S-08 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_3 37.9 11 20.7 6 41.4 12
ARBO24S-09 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_2 75.9 22 6.9 2 17.2 5
ARBO24S-10 Sandfly Fever Virus Toscana
Transport Medium
DS2_2 34.5 10 3.4 1 62.1 18
[1] Sample Relationships: Indicates the relationships of the samples within this challenge. The highest titre member of dilution series DS1 is indicated by DS1_1 and further members of the series as DS1_2, DS1_3 etc. in order of reducing titre. Additional dilution series are indicated by DS2 (e.g DS2_1, DS2_2 etc.), DS3 (e.g. DS3_1, DS3_2 etc.). If one duplicate pair is present this is indicated by 'D1'. Further duplicate pairs are indicated by 'D2', 'D3' etc. [2] Detected / Determined; Not Detected / Not Determined; Not Tested: The percentage (%) of datasets reported by all participants in relation to the assigned status of the panel member i.e. ‘positive’ or ‘negative’ and the expected pathogen type as defined through pre-testing and the total number of datasets (n) for each panel member. For further details please refer to the current participant manual.
[1] [2] [2] [2]
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 1 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
EQA Assessment Group N/A (Refer to My Workflow details section below)
Your Summary Results (Core Samples)
Sample Code
Expected Result Your Final Laboratory Reported Result Sample Status
Detection Frequency
Detection Score
Qualitative Pathogen ID Pathogen included in workflow(s) Yes/No
Qualitative Reported Pathogen ID
ARBO24S-02 Negative N/A Negative Core Negative 0
ARBO24S-03 Positive Tickborne encephalitis virus
Yes Positive Tickborne encephalitis
virus
Core Detected 0
ARBO24S-04 Positive Japanese encephalitis virus
No Negative Core Detected -
ARBO24S-05 Positive Tickborne encephalitis virus
Yes Positive Tickborne encephalitis
virus
Core Detected 0
ARBO24S-06 Positive Sandfly fever Toscana virus
No Negative Core Detected -
ARBO24S-07 Positive Japanese encephalitis virus
No Negative Core Detected -
ARBO24S-09 Positive Tickborne encephalitis virus
Yes Positive Tickborne encephalitis
virus
Core Detected 0
ARBO24S-10 Positive Sandfly fever Toscana virus
No Negative Core Detected -
[1] EQA Assessment Group: To aid analysis participant results are grouped according to the molecular amplification/ detection method specified within their molecular workflow for this challenge/ distribution. For further details refer to the Additional Information: Individual Panel Member Analysis section of this report. [2] Expected Result: positive / negative result and the specific pathogen present within each panel member. [3] Your Final Laboratory Reported Result: the final reported result which may be based on one or more workflows used to test each panel member. [4] Pathogen included in workflow(s): Yes / No answer to whether the expected pathogen was tested for. [5] Qualitative: The final qualitative result you reported for each sample within this EQA challenge / distribution. [6] Reported Pathogen ID: The final pathogen(s) identification you reported for each sample within this EQA challenge / distribution. [7] Sample Status: Sample Status: EQA samples are defined as "CORE" or "EDUCATIONAL". Core proficiency samples are reviewed by the QCMD Scientific Expert(s). This is on the basis of scientific information, clinical relevance, current literature and, where appropriate, professional clinical guidelines. Participating laboratories are expected to report core proficiency samples correctly within the EQA challenge / distribution. [8] Detection Frequency: To aid qualitative analysis each panel member is assigned a frequency of detection. This is based on the peer group consensus of all qualitative results returned by participants within the EQA challenge/distribution. Note that the detection frequency is assigned using only datasets submitted using workflows including the target pathogen. [9] Detection Score: Your detection scores are based on the assigned detection frequency of each panel member, where 0 is "highly satisfactory" and 3 (three) is "highly unsatisfactory" For further details please refer to the current participant manual.
[1]
[2] [3] [7] [8] [9]
[4] [5]
[6]
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 2 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Multiple Pathogen Programme - Qualitative Assessment of Results Results are categorised based on the workflow used and the pathogen(s) targeted as shown in the table below.
Laboratory Reported Results
Result Category
Sample Weighting
Expected Qualitative
Result Positive Negative Not
Determined
Expected pathogen(s) included in workflow(s)
Expected pathogen(s) not
included in workflow(s)
Expected pathogen(s)
detected
Expected pathogen(s) not detected
Frequently Detected
(>95% positive)
Detected (Between 65
and 95% positive)
Infrequently Detected (Less
than 65% positive)
Negative
Positive Expected Pathogen Reported
Detected / Determined 0 0 0 N/A
Negative No pathogen reported
Detected / Determined
N/A N/A N/A 0
Negative False Positive False Positive
3 3 3 N/A
Positive
Reported Pathogen(s)
not as expected
False Positive
3 3 3 N/A
Positive
Reported Pathogen(s)
not as expected
False Positive
3 3 3 N/A
Positive or Negative
Result reported as
not determined
Not Determined 3 2 1 N/A
Positive No pathogen reported
False Negative
3 2 1 N/A
Positive Expected
pathogen not tested for
Not Tested Not Scored Not Scored Not Scored N/A
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 3 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
My Workflow Details:
Name Tick-borne encephalitis virus (v2)
Description
Targets V tickborne encephalitis virus
Assays Extraction - Thermo Scientific™ - Thermo Scientific™ KingFisher™ Flex Purification System Commercial
Kit Manufacturer: Applied Biosystems Kit Type: MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation
Amplification - Bio-Rad - CFX96 Touch Real-Time PCR Detection System Multiplex Commercial
Kit Manufacturer: Certest Kit Type: VIASURE Tick Borne Diseases Real Time PCR Detection Kit Version: VS-TBD112LE
Used to test samples: ARBO24S-01, ARBO24S-02, ARBO24S-03, ARBO24S-04, ARBO24S-05, ARBO24S-06, ARBO24S-07, ARBO24S-08, ARBO24S-09, ARBO24S-10
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 4 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Your Summary Results (Educational Samples)
Sample Code
Expected Result Your Final Laboratory Reported Result Sample Status
Detection Frequency
Detection Score
Qualitative Pathogen ID Pathogen included in workflow(s) Yes/No
Qualitative Reported Pathogen ID
ARBO24S-01 Positive Rift Valley fever virus
No Negative Educational Detected -
ARBO24S-08 Positive Japanese encephalitis virus
No Negative Educational Detected -
[1] EQA Assessment Group: To aid analysis participant results are grouped according to the molecular amplification/ detection method specified within their molecular workflow for this challenge/ distribution. For further details refer to the Additional Information: Individual Panel Member Analysis section of this report. [2] Expected Result: positive / negative result and the specific pathogen present within each panel member. [3] Your Final Laboratory Reported Result: the final reported result which may be based on one or more workflows used to test each panel member. [4] Pathogen included in workflow(s): Yes / No answer to whether the expected pathogen was tested for. [5] Qualitative: The final qualitative result you reported for each sample within this EQA challenge / distribution. [6] Reported Pathogen ID: The final pathogen(s) identification you reported for each sample within this EQA challenge / distribution. [7] Sample Status: Sample Status: EQA samples are defined as "CORE" or "EDUCATIONAL". Core proficiency samples are reviewed by the QCMD Scientific Expert(s). This is on the basis of scientific information, clinical relevance, current literature and, where appropriate, professional clinical guidelines. Participating laboratories are expected to report core proficiency samples correctly within the EQA challenge / distribution. [8] Detection Frequency: To aid qualitative analysis each panel member is assigned a frequency of detection. This is based on the peer group consensus of all qualitative results returned by participants within the EQA challenge/distribution. Note that the detection frequency is assigned using only datasets submitted using workflows including the target pathogen. [9] Detection Score: Your detection scores are based on the assigned detection frequency of each panel member, where 0 is "highly satisfactory" and 3 (three) is "highly unsatisfactory" For further details please refer to the current participant manual.
Further Programme Details
Number of Participants 31
Number of Countries 17
Number of Respondents 26
Number of Datasets Submitted 29
EQA Programme Aims The Arthropod-borne virus EQA focuses on the molecular detection and determination of different arthropod-borne viruses (including viruses from Flavi-, Toga-, Bunya-, and/or Reoviridae families).
[2] [3] [7] [8] [9]
[4] [5]
[6]
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 5 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Feedback and Enquiries Participants are encouraged to read the QCMD Participants' Manual, which can be downloaded from the QCMD website.
Any enquiries should be submitted through the ‘Contact Us’ form that you can find in the ‘Help’ section of your QCMD (ITEMS) Participant Profile Area.
Panel member analysis is separated into CORE samples followed by EDUCATIONAL samples.
Individual Panel Member Analysis (Core Samples) Qualitative analysis for each panel member is provided in relation to your EQA assessment group. EQA assessment groups are established using the molecular workflow information reported by all participants within this EQA challenge / distribution.
To allow meaningful assessment at the individual method level the EQA assessment group must consist of 5 or more datasets. If there are not sufficient datasets at the individual method level then your results will be included within a higher EQA assessment group based on whether it is a commercial or in house technology/method. The highest level assessment grouping is “All” participant reported qualitative results.
A breakdown of qualitative results reported for all workflows used by participants on each of the panel members within this EQA challenge / distribution is provided below. Note: participants may use multiple workflows for each sample.
The final laboratory result indicates the final reported result which may be based on one or more workflows used to test each panel member.
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 6 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-02 Negative Transport Medium
- 96.6 28 3.4 1 N/A 0
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=1), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
21
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 7 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-03 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_1 Tickborne encephalitis virus
75.9 22 6.9 2 17.2 5
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=2), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=2), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
48
24
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 8 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-04 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_2 Japanese encephalitis virus
55.2 16 3.4 1 41.4 12
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 9 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-05 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_3 Tickborne encephalitis virus
75.9 22 6.9 2 17.2 5
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=2), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=2), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
48
24
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 10 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-06 Sandfly Fever Virus Toscana
Transport Medium
DS2_1 Sandfly fever Toscana virus
31 9 6.9 2 62.1 18
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 11 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-07 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_1 Japanese encephalitis virus
55.2 16 3.4 1 41.4 12
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 12 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-09 Tick-borne encephalitis virus
Transport Medium
DS1_2 Tickborne encephalitis virus
75.9 22 6.9 2 17.2 5
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=2), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=2), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
48
24
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 13 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-10 Sandfly Fever Virus Toscana
Transport Medium
DS2_2 Sandfly fever Toscana virus
34.5 10 3.4 1 62.1 18
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 14 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Individual Panel Member Analysis (Educational Samples) Qualitative analysis for each panel member is provided in relation to your EQA assessment group. EQA assessment groups are established using the molecular workflow information reported by all participants within this EQA challenge / distribution.
To allow meaningful assessment at the individual method level the EQA assessment group must consist of 5 or more datasets. If there are not sufficient datasets at the individual method level then your results will be included within a higher EQA assessment group based on whether it is a commercial or in house technology/method. The highest level assessment grouping is “All” participant reported qualitative results.
A breakdown of qualitative results reported for all workflows used by participants on each of the panel members within this EQA challenge / distribution is provided below. Note: participants may use multiple workflows for each sample.
The final laboratory result indicates the final reported result which may be based on one or more workflows used to test each panel member.
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-01 Rift Valley Fever virus
Transport Medium
- Rift Valley fever virus
37.9 11 3.4 1 58.6 17
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 15 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
Sample Code
Sample Content
Matrix Sample Relationships
Expected targets
Detected / Determined
Not Detected / Not Determined
Not Tested
(%) (n) (%) (n) (%) (n)
ARBO24S-08 Japanese encephalitits virus
Transport Medium
DS3_3 Japanese encephalitis virus
37.9 11 20.7 6 41.4 12
Groups below n=5: Altona Diagnostics (n=1), Altona Diagnostics - Altona Diagnostics RealStar (n=1), Clonit (n=1), Clonit - Clonit quanty kit (n=1), Geno Sen’s (n=1), Geno Sen’s - Geno Sen’s Real Time Kit (n=1), Mikrogen (n=2), Mikrogen - Mikrogen alphaCube (n=2), Oxford Nanopore Technologies (n=2), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore GridION (n=1), Oxford Nanopore Technologies - Oxford Nanopore MinION (n=1), Progenie Molecular (n=3), Progenie Molecular - Progenie Molecular RealCycler (n=3), Seegene (n=1), Seegene - Seegene Novaplex (n=1), Vitassay (n=2), Vitassay - Vitassay Real-Time PCR (n=2), bioPerfectus (n=1), bioPerfectus - bioPerfectus Real Time PCR (n=1), In-House - Conventional In-House PCR (n=2), In- House - Conventional Sequencing Analysis (n=2) Groups Rolled Up: gerbion - gerbion virella (n=5)
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ Final laboratory result (All) 29
N um
ber of Values in G roups
Score Breakdown
Detected / Determined Not Detected / Not Determined Not Tested
49
25
6
6
5
24
20
0% 20% 40% 60% 80% 100%
◉ All
► Commercial
■ Certest
● Certest Real Time PCR
■ gerbion
► In-House
● Real-time In-House PCR
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 16 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385
QCMD © 2024. The QCMD EQA programme samples, associated reports and data generated during this programme are intended for External Quality Assessment (EQA) and Proficiency Testing (PT) purposes only. QCMD operates according to a strict Code of Practice which is in line with ISO/IEC 17043 and associated standards. Data reported in QCMD programmes is representative of a laboratory's standard diagnostic testing protocols irrespective of the technology they use. The data provided in the reports are based on technical information provided by the individual laboratories as part of the assessment process, as such it does not constitute a formal technology method comparison. All text and images produced by QCMD are the property of QCMD unless otherwise stated. The reproduction and use of these materials is not permitted without the express written consent of QCMD. The use of the information provided in QCMD reports for commercial purposes is strictly prohibited.
Individual Report
QCMD 2024 Arthropod-Borne Viruses EQA Programme
Catalogue Code: QAM194206
Ref Code: ARBO24
Challenge: S
Analysis Type: Multiple Pathogen Qualitative
Dataset: 799585
Report UID: 2258/98603/7128
Laboratory EE006
QCMD, Technology Terrace, Todd Campus, West of Scotland Science Park, Glasgow, G20 0XA Tel: +44 (0) 141 945 6474, Fax: +44 (0) 141 945 5795 Web: www.qcmd.org
Page 17 of 17 Issue Date: 30 Oct 2024 Report authorised by the QCMD Executive (v1) A UKAS accredited proficiency testing provider No.4385