UURINGU EETILISE HINDAMISE TAOTLUS EESTI BIOEETIKA JA INIMUURINGUTE NÕUKOGULE
1. Uuringu nimetus (ingliskeelsete taotluse puhul tuleb uuringu nimetus ära tuua ka eesti keeles)
Põhjuslik seos respiratoorse süntsütiaalse viiruse ja krooniliste kopsuhaiguste vahel:
terapeutiliste sihtmärkide tuvastamine (akronüüm: CLARITY)
2. Uuringu põhieesmärk kuni 450 tähemärki (0,25 lk) (ingliskeelsete taotluse puhul tuleb uuringu põhieesmärk ära tuua ka eesti keeles)
Kroonilised kopsuhaigused nagu astma sõltuvad inimese geneetikast ja keskkonnast, sealhulgas viirusnakkustest. Rahvusvahelise CLARITY projekti eesmärk on tuvastada geneetilisi riskitegureid ja RS-viirusega seotud mehhanisme, mis võivad viia krooniliste haigusteni. Kavatseme kaardistada kroonilistes kopsuhaigustes osalevates molekulaar-radades viirusnakkuste mõjul toimuvaid muutusi ning hinnata nende põhjal võimalikke raviviise.
3. Uuringu läbiviimise aeg (algus ja lõpp kuu ja aasta täpsusega)
Juuni 2025 - detsember 2030
4. Vastutava(d) uurija(d) ning tema (nende) kontaktandmed
Eesnimi: Erik
Perekonnanimi: Abner
Ametikoht: Funktsionaalse genoomika teadur
Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut
Telefon: 53 426 365
e-post:
[email protected]
5. Uuringu läbiviijad (lisada juurde vajalik arv ridu)
1. Eesnimi: Tarmo
Perekonnanimi: Annilo
Ametikoht: Genoomika kaasprofessor
Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut
2. Eesnimi: Lehte
Perekonnanimi: Türk
Ametikoht: Bioinformaatika spetsialist
Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut
3. Eesnimi: Kanwal
Perekonnanimi: Batool
Ametikoht: Funktsionaalse genoomika nooremteadur
Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut
4. Eesnimi: Kreete
Perekonnanimi: Lüll
Ametikoht: Mikrobioomika teadur
Organisatsioon: Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, genoomika instituut
Koostööpartnerid, kellega jagatakse koondstatistikuid:
1. Eesnimi: Marianne
Perekonnanimi: Boes
Ametikoht: Associate professor in Pediatric Immunology
Organisatsioon: University Medical Center Utrecht, Center for Translational Immunology, Holland
2. Eesnimi: Pascal
Perekonnanimi: Falter-Braun
Ametikoht: Professor of Microbe-Host Interactions
Organisatsioon: Ludwig Maximilian University of Munich, Institute of Network Biology, Saksamaa
3. Eesnimi: Patrick
Perekonnanimi: Aloy
Ametikoht: Research Professor and Principal Investigator of the Structural Bioinformatics Lab
Organisatsioon: Institute for Research in Biomedicine, Barcelona, Hispaania
6. Uuringu finantseerimine
Finantseerimise allikad
Euroopa Komisjon, HORIZON Europe grant “CLARITY” (projekt nr. 101137201)
Teadusasutusepoolne projekti number: MLTGI24033R
Uuringu üldmaksumus (summa)
Eesti geenivaramu andmetel viiakse läbi CLARITY projekti tööpaketi 1 tegevused ja selleks on olemas rahastus 994 370 EUR.
Välispartneritega jagatakse eranditult vaid koondstatistikuid, analüüsimine toimub Tartu Ülikoolis.
Uuritavale kompensatsiooni maksmine (jah, ei, põhjendus ja summa)
Ei
Uuritavate kindlustus (jah, ei, kindlustaja ja poliis)
Ei
7. Teave sama uuringu projekti varasema või samaaegse hindamise kohta (sh teistes riikides)
Uuringu projekti pole varem hinnatud.
8. Lühiülevaade siiani samal teemal tehtud uuringutest (kuni 900 tähemärki, 0,5 lk)
Respiratoor-süntsütiaalne viirus (RSV) on laialt levinud hingamisteede viirus, mis nakatab igal hooajal hinnanguliselt kuni 10% elanikkonnast ning põhjustab raskeid alumiste hingamisteede infektsioone, eriti imikutel ja eakatel. RSV infektsioon võib käivitada hingamisteedes ulatuslikke põletikulisi mehhanisme, millel on pikaajaline mõju kopsufunktsioonile. Euroopas vajab RSV tõttu igal aastal haiglaravi ligikaudu 1% väikelastest. Viirus põhjustab sageli bronhioliiti, millel on seos hilisema astma ja krooniliste kopsuhaiguste tekkeriskiga. Senised kliinilised ja geneetilised uuringud on näidanud, et teatud osa inimestest on RSV suhtes haavatavamad, mis võib olla seotud nii geneetilise eelsoodumuse kui ka muude kaasuvate teguritega. Samuti kinnitavad mitmed kohortuuringud, et RSV läbipõdemine varajases eas suurendab tõenäosust hingamisteede kroonilisteks probleemideks hilisemas elus.
9. Planeeritava uuringu põhjendus ning uurimisküsimused ja/või hüpoteesid (kuni 1800 tähemärki, 1 lk)
Krooniliste kopsuhaiguste kujunemisel mängivad rolli nii keskkonnategurid kui ka geneetiline eelsoodumus. Lisaks allergiatele, ülekaalule, suitsetamiskäitumisele ja õhukvaliteedile peetakse oluliseks riskiteguriks ka hingamisteede viirusnakkusi. Eriti on tähelepanu pälvinud lapseeas raskekujuliselt põetud RSV-nakkus, mille põhjustatud bronhioliit on teadaolevalt üks riskitegur, mis võib põhjustada astma tekkimist hilisemas elus. Siiski pole veel selge, miks osadel inimestel kulgeb viirusinfektsioonidest paranemine komplikatsioonideta, samas kui teistel kujunevad välja kroonilised haigused. Üha enam uuringuid viitab sellele, et osad inimesed on geneetilise eelsoodumuse tõttu haavatavamad ning nende risk pikaajalisteks tagajärgedeks on suurem.
Mitmed kroonilised kopsuhaigused, mida sageli käsitletakse sarnaste diagnoosidena, võivad olla geneetiliselt ja mehhanismide mõttes eri päritolu. CLARITY projekti keskse hüpoteesi kohaselt võivad viirusnakkused neid erinevusi geneetilise eelsoodumusega inimestel esile tuua või võimendada. Selliste mehhanismide uurimine loob aluse hingamisteede haiguste täpsemaks jaotamiseks, toetades sihitud ennetusstrateegiaid ja võimaldades tulevikus ka personaalsemat käsitlust.
Käesoleva uuringu eesmärk on tuvastada geneetilisi ja fenotüübilisi tegureid, mis mõjutavad hingamisteede nakkustega seotud või sellest sõltumatute krooniliste kopsuhaiguste kujunemist. Selleks soovime kasutada Eesti geenivaramu andmeid, mis võimaldavad seostada geneetilist informatsiooni terviseandmetega.
Uurimisküsimused
- Millised geenivariandid seostuvad krooniliste hingamisteede haigustega?
- Kas need seosed erinevad sõltuvalt haiguse alatüübist?
- Millised geneetilised tegurid võivad suurendada bronhioliidi-järgsete krooniliste kopsuhaiguste tekke võimalust?
- Kas RSV-spetsiifiline ja laiem seroprofiil seostuvad krooniliste kopsuhaiguste riski või alatüüpidega?
10. Uurimismetoodika (kuni 1800 tähemärki, 1 lk)
Uuringus kasutatakse Eesti geenivaramu geenidoonorite pseudonüümitud andmeid ning nende analüüsimiseks kasutatakse bioinformaatilisi meetodeid. Eesmärk on hinnata, kuidas on omavahel seotud geneetilise taustaga hingamisteede kroonilised haigused ja viirusinfektsioonid. Geneetilised analüüsid põhineb tavapärastel ülegenoomsetel assotsiatsiooniuuringutel (GWAS).
Uuritavate rühmad koostatakse geenivaramu andmebaasis olemasolevate terviseandmete põhjal. Kasutame RHK-10 kategooriaid ja alakoode, keskendudes hingamisteede haigustele (J-koodid) ning seotud seisunditele (A-, B-, H-, R- ja U-koodid). Kasutame ka ATC retseptiravimite andmeid astmaravimite kasutuse hindamiseks ning NOMESCO protseduurikoode hingamisteede sekkumiste tuvastamiseks. Kasutame ka geenivaramuga küsitlusest saadud kopsuhaigustega seotud riskifaktoreid ja fenotüüpe, näiteks sünniaasta, sugu, kehakaal, pikkus ja suitsetamisharjumused. Eraldi käsitleme vanusegruppe ja võrdleme viirushaiguste rühmi, näiteks RSV, gripp, herpesviiruseid, COVID-19. Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx”.
Lisaks terviseandmetele kasutame valikulisel alamvalimil geenivaramus talletatud vereplasma proove, et määrata RSV ja teiste respiratoorsete patogeenide vastaste antikehade tasemeid ning kaardistada laiem antikehapõhine seroprofiil. Seroloogilised mõõtmised aitavad täpsustada varasema viiruskokkupuute ja immuunvastuse tugevuse hinnangut olukorras, kus RSV-ga seotud diagnoosid võivad olla aladiagnoositud. Saadud antikehade tasemed integreeritakse geneetiliste analüüsidega endofenotüüpidena ning neid kasutatakse täpsemaks rühmade moodustamiseks ja kontrollanalüüsideks. Täpsem andmekoosseis vereplasma proovide analüüsimiseks on leitav dokumentidest “Lisa2_CLARITY_Andmekoosseis.docx” ja „CLARITY_Vastused.docx“.
Järgmiseks sammuks on bioloogilise tähenduse tõlgendamine standardsete post-GWAS meetoditega. Teeme GWAS koondstatistikute peal bioloogiliste radade analüüse, tuvastame võimalikke põhjuslikke geene ja hindame genoomset korrelatsiooni erinevate haiguste vahel. Kausaalsuse hindamiseks bronhioliidi ja krooniliste kopsuhaiguste vahel kasutame Mendeli randomiseerimist. Tulemusi valideerime võrdlevalt avalikult kättesaadavate rahvusvaheliste GWAS andmestikega.
Need andmed pakuvad sisendit CLARITY rahvusvahelistele partneritele, kes arendavad edasi funktsionaalseid ja bioinformaatilisi analüüse. Jagatakse vaid analüüside tulemusi koondstatistikutena, mis ei võimalda geenidoonoreid tuvastada.
11. Uuritavate valim ja värbamise viisi kirjeldus.
Uuritavate informeerimise ja nõusoleku vormid, ankeetide, küsitluste ja testide vormid esitada taotluse lisadena.
Valimi suurus ja kontrollgruppide olemasolu
GWAS uuringud viiakse läbi kas binaarsel kujul (juhud vs kontrollrühm, näiteks geenidoonor on elus saanud astmadiagnoosi vs tal ei ole seda diagnoosi) või kvantitatiivsete väärtustega (näiteks kehamassiindeks). Nii juhud kui ka kontrollgrupp valitakse Eesti geenivaramuga (EGV-ga) liitunud ~212 000 geenidoonori seast. Täpse valimi lõplik suurus sõltub uurimismetoodikas määratletud tunnuste esinemisest või puudumisest.
ELISA ja PhIP-Seq antikehade analüüsideks valitakse alamvalim geenidoonoritest terviseandmete ja hooajalisuse alusel, ning kontrollrühm moodustatakse samast grupist, võrreldava vanuse, soo, proovivõtu aja ja tervisenäitajate järgi.
Kes värbab uuritavaid ja kuidas/kus/kelle poolt võetakse informeeritud nõusolek? (kui on asjakohane)
Uuringus kasutatakse üksnes EGV-ga juba liitunud isikute andmeid; uusi uuritavaid ei kaasata. Geenidoonoriks saades on osalejad allkirjastanud nõusolekuvormi, millega nad on andnud loa oma terviseandmete pseudonüümitud kujul geenivaramusse kandmiseks ning kasutamiseks geeniuuringutes, rahvastiku tervise uurimiseks ja statistilistel eesmärkidel.
Kuidas ja kelle hulgast toimub uuritavate valik? Millised on uuritavate kaasamise või väljajätmise kriteeriumid?
Uuritavad valitakse EGV-ga liitunud ligikaudu 212 000 geenidoonori hulgast. Kuna kõik osalejad on geenidoonorid, ei kaasata uuringusse alla 18-aastaseid isikuid. Valimi moodustamine põhineb uurimismetoodikas ja Lisas 1 kirjeldatud tunnuste esinemisel või puudumisel. Uuringusse ei kaasata geenidoonoreid, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kasutamise.
Sekkumiste liik (füüsiline, vaimne või andmed, sh eriliiki isikuandmed)
Uuringus kasutatakse EGV andmebaasis säilitatavaid andmeid (geeniandmed, terviseandmed) kooskõlas Eesti inimgeeniuuringute seaduse ja teiste õigusaktidega (Euroopa Liidu isikuandmete kaitse üldmäärus, isikuandmete kaitse seadus). Uuritavatega ei võeta andmete kogumise eesmärgil ühendust.
Bioloogilise materjali (vereplasma) laboratoorsed mõõtmised tehakse Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris ning eetikaloal nimetatud uurijad ise proove ei käsitle. Uurijad töötlevad ja analüüsivad üksnes tuumiklaborist saadud mõõtmisandmeid pseudonüümitud kujul.
Koormus uuritavale (kontaktivõtmise viisid, visiitide arv, uuringute tüüp ja arv, kutsete saatmise kordus jms)
Käesoleva projekti raames ei toimu uuritavate värbamist ega uute bioloogiliste proovide võtmist. Geenidoonorite andmeid ei depseudonüümita ning nendega ei võeta ühendust.
12. Koeproovide väljastamine kolmandatele osapooltele (RNA, DNA, plasma vms)
Mitme geenidoonori koeproove ja mis tüüpi koeproove väljastatakse?
Seroprofiili loomiseks kasutatakse Eesti geenivaramu hoiustatud vereplasma proove valitud geenidoonoritelt. Täpne geenidoonorite arv selgub pärast pilootfaasi, lähtudes proovide kättesaadavusest, analüüside maksumusest ning mõõtmiste kvaliteedist. Hinnanguliselt kaasatakse kuni 20 000 geenidoonorit antikehade (ELISA) analüüsideks ning kuni 1 000 geenidoonorit PhIP-Seq analüüsideks; lõplik arv täpsustub pilootfaasi tulemuste alusel.
Kui palju ühe geenidoonori kohta koeproove väljastatakse?
Ühe geenidoonori kohta väljastatakse minimaalselt vajalik kogus vereplasmat, mis on piisav ELISA ja vajadusel PhIP-Seq analüüside teostamiseks (hinnanguliselt 100 µl). Väljastatava materjali maht täpsustub pilootfaasi käigus.
Kuhu koeproov väljastatakse (riik, asutuse nimetus, aadress)?
Proove ei saadeta instituudist väljapoole ning neid käideldakse vaid Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris.
Mida tehakse järelejäänud koeproovidega (kas ülejääk hävitatakse või saadetakse tagasi)?
Ülejäänud vereplasma hävitatakse pärast analüüse tuumiklaboris või tagastatakse Eesti geenivaramule.
13. Uuringu eetiliste aspektide analüüs (3600 tähemärki, kuni 2 lk).
Kõik uuringud, mille objektiks on inimesed, peavad olema läbi viidud, arvestades eetilisi nõudeid, eelkõige autonoomia austamise, heategemise ja kahju vältimise ning õigluse printsiipe.
vt ka https://etag.ee/wp-content/uploads/2023/01/HE-eetikano%CC%83uded-juhendmaterjal.-Final.pdf https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/common/guidance/how-to-complete-your-ethics-self-assessment_en.pdf
Uuring viiakse läbi kooskõlas Inimgeeniuuringute seaduse ja teiste õigusaktidega (Euroopa Liidu isikuandmete kaitse üldmäärus, isikuandmete kaitse seadus).
1. Isiku autonoomia respekteerimise printsiip on tagatud sellega, et kõik geenidoonorid on EGV-ga liitunud vabatahtlikult ja allkirjastanud teadliku nõusoleku vormi, millega nad nõustuvad, et nende pseudonüümitud andmeid võib kasutada teadusuuringutes. Geenidoonoritel on õigus ja võimalus oma nõusolek igal ajal tagasi võtta.
2. Privaatsuse ja konfidentsiaalsuse respekteerimise printsiibist lähtuvalt avaldatakse ainult analüüside koondstatistikuid, mis ei võimalda uuringus osalejate depseudonüümimist. Uuring viiakse läbi teadusuuringute ja andmetöötluse parimaid tavasid järgides. Uurimistöö läbiviijad on kohustatud järgima kõiki seadusest tulenevaid ja andmete väljastamise korralduses toodud andmekaitse põhimõtteid. Geenivaramust väljastatakse uurimistööks geeniandmeid või terviseseisundi kirjeldusi ainult pseudonüümituna, hulgana ja tingimusel, et väljastatavaid proove või andmeid on üheaegselt vähemalt viie geenidoonori kohta (IGUS §22, lg (4)). Andmete väljastamisel järgib EGV kõiki IGUS-est tulenevaid nõudeid. Uuringus osalevate koostööpartneritega ei jagata andmeid üksikisiku tasemel ning väljaspool Tartu Ülikooli arvutustaristut jagatakse ainult koondandmeid. See tähendab, et nii osalejate privaatsuse kui ka andmete väärkasutusega seotud riskid on äärmiselt madalad, hästi juhitud ja kaaluvad üles selle uuringu potentsiaalse kasu.
3. Haavatavate populatsioonide kaitsmise printsiip on tagatud teadusliku uudsusega: projekti raames välja töötatav metoodika ning eeldatavad tulemused võimaldavad turvaliselt kasutada biopankades kogutud andmete potentsiaali ja kasutada neid terviseuuringute läbiviimisel. Projekti käigus omandatud teadmised (nt krooniliste kopsuhaiguste täiustatud riskimudelid) toovad eeldatavat kasu rahva tervisele, kuna võimaldavad kroonilisi kopsuhaigusi paremini ennetada ja diagnoosida.
4. Võrdse kohtlemise printsiip on tagatud sellega, et käesolev uuring ei diskrimineeri kedagi rahvuse, soo ega muu kuuluvuse alusel. Kõikide ühiskonna- ja vanusegruppide puhul on eesmärk toetada elukvaliteedi parandamist ja tervena elatud aastate arvu suurendamist. Uuringusse kaasatakse nii mehi kui naisi.
5. Heategemise ja õigluse printsiibist lähtuvalt toovad uurimistööst saadavad tulemused kasu mitte ainult võrdselt kõikidele geenidoonoritele, vaid ka teistele Eesti ja ka teiste riikide elanikele. Käesolev uurimistöö aitab edendada teaduse arengut ning geenianalüüside koonstatistikute jagamine väärindab geenivaramut kui teaduse infrastruktuuri. Uurimistöö tulemused on eelduseks geenidoonorite ootuste täitmisele ehk personaalse tagasiside andmiseks vajaliku teadusliku osa loomisele. Töö üldistatud tulemusi jagatakse laiema avalikkusega ning publitseeritakse rahvusvahelistes eelretsenseeritud ajakirjades, et edendada vastava valdkonna teadmisi.
6. Mittekahjustamise printsiibist lähtuvalt toimub andmete analüüs ainult tänapäeva teaduse tipptasemel metoodikat kasutades. Uurimistöösse on kaasatud oma eriala rahvusvaheliselt tunnustatud teadlased, et tagada töö võimalikult kõrge kvaliteet ja töövoos vigade esinemise tõenäosuse vähendamine.
13 a Inimesed
Abiküsimused
Ei
Jah
Kas uurimisobjektiks on inimesed?
Jah
Vajadusel kirjeldada, kuidas tagatakse uuringus osalemise vabatahtlikkus ja välditakse uuringus osalejate mistahes lubamatut mõjutamist uuringus osalemiseks.
Uuringus osalejad on EGV-ga liitudes allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku, millega nad on andnud loa oma terviseseisundi kirjelduse pseudonüümitud kujul geenivaramusse kandmiseks ning nende andmete kasutamiseks geeniuuringutes, rahvastiku tervise uurimisel ja statistilistel eesmärkidel.
Kas uurimisobjektiks on haavatavad isikud või isikute grupid?
Ei
1) Nimetada, millisesse haavatavate gruppi uuritavad kuuluvad ning milles seisneb nende haavatavus.
2) Vajadusel, st kui uuring viiakse läbi tuginedes isiku nõusolekule, kirjeldada informeeritud nõusoleku saamise protseduuri. Kui uuring tugineb nõusolekule, lisada nõusoleku vorm. Need tegevused peavad tagama, et isikud saavad aru uuringus osalemisega kaasnevatest riskidest.
Kas uurimisobjektiks on isikud, kes ei saa ise anda teadlikku nõusolekut uuringus osalemiseks (sh piiratud teovõimega isikud)?
Ei
Kirjeldada, kuidas informeeritakse ja saadakse eestkostjalt või seaduslikult esindajalt nõusolek piiratud teovõimega, sh laste uuringus osalemiseks.
Kas üheks uurimisobjektiks on alaealised?
Ei
1) Esitada osalejate vanust puudutav info.
2) Kirjeldada alaealise vanematelt osalemisnõusoleku saamise protseduuri.
3) Kirjeldada, kuidas küsitakse alaealise nõusolekut või arvestatakse alaealise arvamust võrdeliselt tema ea ja küpsusastmega.
4) Kirjeldada, kuidas tagatakse alaealiste heaolu.
5) Selgitada, mis põhjusel kaasatakse uuringusse alaealisi.
Kas uurimisobjektiks on patsiendid?
Ei
1) Selgitada, missugune haigus/seisund/puue on uuritavatel.
2) Kirjeldada värbamise, kaasamise ja väljajätmise kriteeriume ning informeeritud nõusoleku saamise protseduuri.
3) Kirjeldada, mida tehakse juhuleiu juhusliku tulemuse korral ja kuidas informeeritakse sellest uuritavaid.
Kas uurimistöös kogutakse
inimestelt bioloogilisi proove? Kas inimestelt võetud bioloogiliisi proove kavatsetakse eksportida kolmandasse riiki (https://www.aki.ee/isikuandmed/andmetootlejale/isikuandmete-edastamine-valisriiki ) või importida neid teisest riigist Eestisse?
Ei
1) Kirjeldada, missuguseid proove kogutakse.
2) Kirjeldada proovide kogumiseks kasutatavaid protseduure sh kas kasutatakse varem kogutud proove.
3) Selgitada, kuidas tagatakse uuritavate õigused.
4) Selgitada, mida tehakse proovidega pärast uuringu lõppemist.
13 b Isikuandmed ja andmestikud
Ei
Jah
Kas uurimistöö käigus kogutakse või analüüsitakse isikuandmeid, sh eriliiki isikuandmeid?
Jah
1) Täpne andmete koosseis, mis on vajalik uuringu läbiviimiseks (võib esitada lisana).
Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx”
2) Kinnitada, et informeeritud nõusolek on olemas või saadakse enne uuringu algust, kui uuring põhineb nõusolekul.
Geenidoonorid on liitunud EGV-ga vabatahtlikult ning andnud teadliku nõusoleku oma pseudonüümitud andmete kasutamiseks teadusuuringutes.
3) Selgitada, miks on kõik töödeldavad andmed asjakohased ja vajalikud (lähtudes andmete minimeerimise põhimõttest).
Uuringu eesmärk on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilised riskitegurid ja molekulaarsed mehhanismid. Statistilise võimsuse tagamiseks on vajalik esinduslik ja suur valim, mida võimaldab EGV andmete täies mahus kasutamine.
Teiseks uuringu õnnestumise eelduseks on haigusjuhtude võimalikult täpne määratlemine. Seetõttu taotleme luba kasutada erinevaid EGV andmebaasis sisalduvaid andmekihte (nt geeniandmed, elektroonilised terviseandmed, küsimustikud), mis aitavad krooniliste kopsuhaiguste diagnoose täpsustada. Erinevate andmekihtide kasutamise eesmärk on tuvastada riskitegurid ning molekulaarsed mehhanismid, mida varasemates uuringutes (kus sellised andmekihid puudusid) leitud ei ole.
Lisaks kasutatakse vereplasmast määratud antikehade tasemeid ja PhIP-Seq seroprofiile ainult valitud alamvalimis ning ainult ulatuses, mis on vajalik varasema nakkushaigustega kokkupuute ja immuunvastuse objektiivseks hindamiseks ja fenotüpiseerimise täpsustamiseks, arvestades RSV aladiagnoosimist terviseandmetes. Väljastatava materjali kogus ühe geenidoonori kohta on minimaalne (hinnanguliselt kuni 100 µl). Andmetöötluses kasutatakse üksnes analüüsideks vältimatuid tunnuseid ning kontrollmuutujad piiratakse minimaalselt vajalikuga.
4) Kas andmesubjektid on tuvastatavad? Kui jah, siis kirjeldada, kuidas on täidetud järgmised tingimused:
a. pärast tuvastamist võimaldavate andmete eemaldamist ei ole andmetöötluse eesmärgid enam saavutatavad või neid oleks ebamõistlikult raske saavutada;
b. teadus- või riikliku statistika tegija hinnangul on selleks ülekaalukas avalik huvi;
c. töödeldavate isikuandmete põhjal ei muudeta andmesubjekti kohustuste mahtu ega kahjustata muul viisil ülemäära andmesubjekti õigusi.
Andmed on pseudonüümitud ning uuritavate isikud ei ole tuvastatavad.
Bioloogilise materjali (vereplasma) laboratoorsed mõõtmised tehakse Tartu Ülikooli genoomika instituudi Genoomika tuumiklaboris ning eetikaloal nimetatud uurijad ise proove ei käsitle. Uurijad töötlevad ja analüüsivad üksnes tuumiklaborist saadud mõõtmisandmeid pseudonüümitud kujul.
Kas uurimistöö hõlmab üksikisiku süsteemset jälgimist, tema andmeprofiili kogumist või töödeldakse suures ulatuses eriliiki ja/või tundlikke andmeid või kasutatakse (sekkuvaid) andmete töötlemise meetodeid varjatud viisil (nt elulemuse uuringud, jälgimine, järelevalve, audio ja video salvestamine, geo- positsioneerimine jne) või mistahes andmete töötlemise protsessi, mis võib kahjustab uuritavate õigusi ning vabadust?
Ei
1) Selgitada, missuguseid meetodeid kasutatakse
uuritavate jälgimiseks, järelevalveks ja vaatlemiseks.
2) Selgitada uuritavate profiili loomise meetodeid.
3) Selgitada, kuidas informeeritakse uuritavaid nende õigustest ja võimalikest riskidest, mida andmete töötlemine võib kaasa tuua.
4) Selgitada, kuidas toimub uuritavate profiili jaoks andmete kogumine ning nende teavitamine võimalikest tagajärgedest ja kaitsemeetmetest.
Kas uurimistöös analüüsitakse eelnevalt kogutud isikuandmeid?
Jah
1) Selgitada, missugusest andmebaasist (registrist, andmekogust) või allikast andmed pärinevad.
Andmed pärinevad EGV andmebaasist.
2) Selgitada, kuidas informeeritakse uuritavaid nende õigustest ja võimalikest riskidest, mida andmete töötlemine võib kaasa tuua.
Geenidoonorid on liitunud EGV-ga vabatahtlikult ning andnud teadliku nõusoleku oma pseudonüümitud andmete kasutamiseks teadusuuringutes.
3) Selgitada, miks on kõik töödeldavad andmed asjakohased ja vajalikud (lähtudes andmete minimeerimise põhimõttest).
Uuringu eesmärk on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilised riskitegurid ja molekulaarsed mehhanismid. Statistilise võimsuse tagamiseks on vajalik esinduslik ja suur valim, mida võimaldab EGV andmete täies mahus kasutamine.
Teiseks uuringu õnnestumise eelduseks on haigusjuhtude võimalikult täpne määratlemine. Seetõttu taotleme luba kasutada erinevaid EGV andmebaasis sisalduvaid andmekihte (geeniandmed, elektroonilised terviseandmed, küsimustikud), mis aitavad krooniliste kopsuhaiguste diagnoose täpsustada. Erinevate andmekihtide kasutamise eesmärk on tuvastada riskitegurid ning molekulaarsed mehhanismid, mida varasemates uuringutes (kus sellised andmekihid puudusid) leitud ei ole.
4) Selgitada, miks ei ole võimalik uurida uurimisobjekte nii, et saadud andmed oleksid anonüümsed või pseudonüümsed (kui on asjakohane).
Uuringus kasutatakse ainult pseudonüümitud andmeid.
Kas uurimistöös analüüsitakse avalikult kättesaadavaid andmeid?
Jah
Selgitada, kas andmed on avalikult kättesaadavad (avatud andmete registrid ja andmekogud) ja neid võib uurimistöös vabalt kasutada.
Uurimistöös kasutatakse avatud juurdepääsuga teadusandmebaasidest pärinevaid mittetundlikke ja mitteisikulisi andmeid (nt polügeensete riskiskooride kataloog www.pgscatalog.org või varasemate rahvusvaheliselt avaldatud GWAS-ide tulemusi platform.opentargets.org ja www.ebi.ac.uk/gwas).
Kas kavatsetakse edastada isikuandmeid või võimaldada neile juurdepääs kolmandast riikidest (https://www.aki.ee/isikuandmed/andmetootlejale/isikuandmete-edastamine-valisriiki )?
Ei
1) Selgitada, missuguseid isikuandmeid eksporditakse
või imporditakse. Kui jah, siis millistesse ja millistest riikidest.
Isikuandmeid koostööpartneritele ei edastata. Teaduskoostöö raames jagatakse ainult uuringu käigus saadud koondstatistikat ning selle põhjal saadud analüüsitulemusi.
2) Selgitada, milliseid kaitsemeetmeid rakendatakse, millisetel alustel (leping vms) andmeid edastatakse ning kuidas tagatakse uuritavate õigused.
Isikuandmeid koostööpartneritele ei edastata. Teaduskoostöö raames jagatakse ainult uuringu käigus saadud koondstatistikat.
Kas uurimistöö lõppedes toimub isikuandmete hävitamine/ anonüümimine?
Ei
Kui analüüs põhineb jooksvalt andmesubjekte tuvastada võimaldaval kujul
1) kirjeldada, kuidas pärast uuringu läbiviimist ja eesmärkide saavutamist isikuandmed hävitatakse/ anonüümitakse;
Kasutatavad andmed on osa EGV-st ja jäävad EGV-sse ka pärast uuringu lõppu. Uuringu jaoks EGV poolt väljastatud pseudonüümitud andmed hoiustatakse ja töödeldakse Tartu Ülikooli teadusarvutuste klastrites kuni kolm aastat pärast projekti ametlikku lõppu, st. kuni 2033. aasta detsembrini, misjärel need kustutatakse.
Pärast laboratoorsete analüüside lõpetamist hävitatakse allesjäänud vereplasma tuumiklaboris või tagastatakse Eesti geenivaramule.
2) lisada hinnang, kuidas on välistatud andmesubjektide kaudne tuvastamine pärast isikut otseselt tuvastada võimaldavate andmete hävitamist.
Käesolevas uuringus kasutatakse ainult pseudonüümitud andmeid. EGV on kehtestanud täiendavad reeglid geenivaramu andmekogu erivajadustest lähtudes ning Inimgeeniuuringute seaduse nõuete täitmiseks. Lisaks õigusaktidele reguleerib EGV andmekogu kasutamist TÜ genoomika instituudi direktori poolt kehtestatud infoturbe poliitika, millega on kehtestanud kõrgendatud turvameetmed andmekogu kasutamisele (andmetele ligipääs, töötlemine, hoiustamine, depseudonüümimine, koostöö raames jagamine ja andmete hävitamine). Infoturbe regulatsioonide eesmärgiks on tagada EGV andmekogu kasutatavus teadusuuringute läbiviimiseks, kindlustades seejuures geenidoonorluse vabatahtlikkuse ja geenidoonori isiku privaatsuse, ning kaitsta inimesi geeniandmete kuritarvitamise ja nende DNA ülesehituse ning sellest tulenevate pärilikkusriskide põhjal diskrimineerimise eest. Turvakontseptsiooni aluseks on E-ITS ja ISO 27001 infoturvastandardid.
13 c Teised eetilised küsimused
Kas uurimistöö läbiviimine võib kaasa tuua eelpool kirjeldamata eetilisi riske?
Vajadusel selgitada eetilisi lisariske, mis võivad tuleneda asjaoludest nagu tehisintellekt, personaalmeditsiin, sõjaliste partnerite kaasamine, uued arengud neurobioloogias, geenitehnoloogias, nanotehnoloogias, inimese-masina suhtluses, androidide ja küborgide loomisel jne.
Uurimistöös ei kasutata geenidoonorite individuaalsete andmete analüüsimisel tehisintellektil või masinõppel põhinevaid meetodeid. Tehisintellekti tööriistu, nagu masinõpe või valkude struktuuriennustusmudelid (nt AlphaFold), võidakse kasutada uuringu hilisemas etapis, üksnes koondstatistiliste tulemite tõlgendamiseks ja bioloogilise tähenduse selgitamiseks. Need meetodid töötavad ainult agregeeritud andmetega ega võimalda geenidoonorite tuvastamist. Vajadusel kasutatakse ka tekstipõhiste materjalide koostamisel keelemudeleid (nt ChatGPT), kuid need ei puutu kokku tundlike andmetega.
Projekti käigus hinnatakse regulaarselt masinõppe ja tehisintellekti kasutamisega seotud riske ning rakendatakse rahvusvaheliselt tunnustatud parimaid praktikaid, sealhulgas tulemuste kontrolli ja analüüside korratavust.
14. Tehisintellekti kasutamise eetiliste aspektide analüüs
vt ka https://digital-strategy.ec.europa.eu/en/library/ethics-guidelines-trustworthy-ai
Abiküsimused
Ei
Jah
Kas uurimistöö läbiviimine hõlmab tehisintellektil põhinevate süsteemide arendamist, juurutamist ja/või kasutamist?
Ei
1) Kirjeldada, kuidas tagatakse põhiõiguste ja -vabaduste (nt inimeste autonoomia, privaatsus ja andmekaitse) austamine.
2) Üksikasjalik selgitus võimalike eetiliste riskide ja riskide vähendamise meetmete kohta:
a) Kavandatava AI-süsteemi/tehnika võimekused, piirangud, riskid ja eelised;
b) Teave selle kohta, milliseid meetmeid kasutatakse, et vältida algoritmilist kallutatust.
Kas tehisintellektil põhinev süsteem võib potentsiaalselt inimesi stigmatiseerida või diskrimineerida?
Ei
Kirjeldada eelarvamusi, diskrimineerimist ja stigmatiseerimist vältivaid meetmeid.
Kas tehisintellekt mõjutab, suunab või asendab inimest otsustusprotsessis?
Ei
1) Kirjeldada meetmeid, kuidas inimesed säilitavad kontrolli otsustusprotsessi üle.
2) Kirjeldada, kuidas selgitakse tehisintellekti rolli mõjutatud isikutele.
Kas tehisintellekti rakendamine võib põhjustada negatiivseid tagajärgi ühiskonnale ja/või keskkonnale?
Ei
1) Põhjendada tehnoloogia arendamise/kasutamise vajadust.
2) Kirjeldada meetmeid võimalike negatiivsete mõjude leevendamiseks teadusuuringu, arenduse, kasutuselevõtu ja kasutuselevõtujärgses faasis.
15. Täita, kui uuring põhineb andmekogu ja/või andmeallika andmetel.
Andmekogu ja/või andmeallika nimetus
Eesti geenivaramu andmekogu
Isikuandmete töötlemise eesmärk
Uuringu eesmärgiks on tuvastada krooniliste kopsuhaiguste geneetilisi riskitegureid ning molekulaarseid mehhanisme.
Andmekoosseis ja periood, mille kohta andmed kogutakse (vajadusel lisana)
Kasutame olemasolevaid Eesti geenivaramu andmekogu erinevaid andmekihte, mis koosnevad pseudonüümitud genotüüpidest, RHK-10 diagnoosidest, ATC ravimikasutuse andmetest, NOMESCO protseduurikoodidest ning fenotüübilistest ja küsitluspõhistest tunnustest, et uurida krooniliste kopsuhaiguste ja viirusinfektsioonide geneetilisi seoseid.
Täpsem andmekoosseis on leitav dokumendist “Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx”
Lisaks kasutame valitud alamvalimis Eesti geenivaramus hoiustatud vereplasma proove antikehade tasemete ja seroprofiili määramiseks. Täpsem andmekoosseis selleks on leitav dokumentidest “Lisa2_CLARITY_Andmekoosseis.docx” ja „CLARITY_Vastused.docx“.
16. Isikuandmete kaitse meetmete kirjeldus, sealhulgas andmete hoidmise, säilitamise, turvalisuse ja kustutamise kohta, sh andmete ja/või koodivõtme kustutamise kuupäev (kuni 1800 tähemärki, 1 lk).
Kirjeldada ja põhjendada uuringu vajaduseks kogutud andmete säilitamist ja tähtaega.
Käesoleva uuringu käigus uusi isikuandmeid ei koguta. Me kasutame uurimistöös ainult olemasolevaid EGV andmekogusid (elektroonilised terviseandmed, geeniandmed, küsimustikud) ja andmekogude uuendusi, mis saadakse erinevate registritega perioodilise võrdlemise ja EGV-s olevate andmete täiendamise teel. EGV andmekogus säilitatakse koonstatistikuid tähtajatult vastavalt Inimgeeniuuringute seaduse §18 lõikele 1. CLARITY projekti käigus saadud tulemused (koondstatistikud) ei sisalda isikuandmeid ning need avaldatakse teadusartiklites ja säilitatakse tähtajatult, et võimaldada tulevasi teadusuuringuid.
Kirjeldada isikuandmete pseudonüümimise protsessi ja vahendeid.
Andmed on juba pseudonüümitud geenidoonori lisamisel EGV andmebaasi.
Andmete vastutav töötleja on Tartu Ülikool.
Kas kavatsetakse geenidoonorite isikuandmeid depseudonüümida?
Geenidoonorite andmeid ei depseudonüümita.
Kas toimub isikuandmete transportimine ning kirjeldada, kuidas on tagatud andmete turvalisus.
Isikuandmeid ei transpordita.
Kirjeldada, kuidas on andmed kaitstud loata või ebaseadusliku töötlemise eest.
Uuring viiakse läbi vastavalt EGV töökorrale ja asjakohastele õigusaktidele. EGV on kehtestanud täiendavad reeglid geenivaramu andmekogu erivajadustest lähtudes ning Inimgeeniuuringute seaduse nõuete täitmiseks. Lisaks õigusaktidele reguleerib EGV andmekogu kasutamist TÜ genoomika instituudi direktori poolt kehtestatud infoturbe poliitika, millega on kehtestanud kõrgendatud turvameetmed andmekogu kasutamisele (andmetele ligipääs, töötlemine, hoiustamine, depseudonüümimine, koostöö raames jagamine ja andmete hävitamine). Infoturbe regulatsioonide eesmärgiks on tagada EGV andmekogu kasutatavus teadusuuringute läbiviimiseks, kindlustades seejuures geenidoonorluse vabatahtlikkuse ja geenidoonori isiku privaatsuse, ning kaitsta inimesi geeniandmete kuritarvitamise ja nende DNA ülesehituse ning sellest tulenevate pärilikkusriskide põhjal diskrimineerimise eest.
Kinnitan, et kõik uuringu läbiviijad on teadlikud projekti läbiviimisega kaasnevatest eetilistest ja isikuandmete kaitsega kaasnevatest nõuetest.
Vastutava uurija allkiri
/digiallkiri/
Taotluse esitamise kuupäev
20.05.2025
Taotluse EBIN ID
(täidab hindaja)
Lisadokumentide loetelu:
1. Vastutava uurija CV
2. Andmekoosseis (Lisa1_CLARITY_Andmekoosseis.docx)
3. Andmekoosseis (Lisa2_CLARITY_Andmekoosseis.docx)
4. Vastused jätkutaotluse küsimustele (CLARITY_Vastused.docx)