Üldine märkus:
„"Tingimata on vaja välja selgitada riskid, mis kaasnevad nö riigipiiride hägustumisega ja leida võimalused neid riske usaldusväärselt maandada. Kui riske maandada ei ole võimalik, siis ei saa seda algatust toetada. Meil pole vaja veel ühte ettevõtlusvormi, millega hõlpsalt maksukohustuste ja võlgade otsad vette lasta."
Käibemaksukohustuslase numbrist:
Määruse ettepaneku artikkel 13 näeb ette, et KOM kehtestab ühtse taotlusvormi BRIS süsteemis esitamiseks, mis katab ära vajaliku teabe äriregistris registreerimiseks ja ka maksukohustuslasena ning KM kohustuslasena registreerimiseks. KM numbri taotlemiseks ettevõtja ei pea esitama MTA-le eraldi taotlust vaid taotlus edastatakse automaatselt MTA-le. KM numbri andmise osas toimub kommunikatsioon otse taotlejaga. Seega MTA infosüsteemid peavad võimaldama taotleda KM numbrit selle määruse alusel kehtestatud taotluse alusel. See kindlasti tekitab IT kulu - üks eraldi vormiga "kanal" tekib KM numbri taotlemiseks juurde. Jääb arusaamatuks, kas MTA süsteemid peaksid liidestuma BRIS-ga või hakkab see protsess toimuma läbi äriregistri. Täna saab ka KM numbrit taotleda ettevõtte asutamisel ka äriregistri infosüsteemi kaudu (x-tee).
KOM kehtestatav taotlusvorm peab universaalselt ära katma kõikide EL riikides KM numbri taotlemiseks vajalikud andmed - see tundub olevat juba omaette väljakutse. Art 20 (3) alusel  EU Inc. ei ole kohustatud esitama täiendavat teavet, välja arvatud juhul, kui seda ei saa mujalt kätte ja on rangelt vajalik KM numbri väljastamiseks. Seega MTA-l on piiratud võimalus täiendavate andmete küsimiseks ja see on risk. Automaatse taotluse esitamise ja KM numbri väljastamise protsessis peab MTA-le jääma piisav kontrollivõimalus. 
Optsioonidest:
Määruse artikkel 79 lõike 2 kohaselt tekib artikli 78 tingimustele vastavast osalusoptsioonist tulu hetkel, kui optsiooni aluseks olnud osalus võõrandatakse ja seda tulu võib maksustada alates sellest hetkest. Praegu maksustavad mõned EL liikmesriigid osalusoptsiooni vahetamist osaluse vastu optsiooni andnud äriühingus (või sellega seotud ühingus) ehk hetkel, mil optsiooniomanikul rahalist tulu tekkinud ei ole. Seega on artikli 79 eesmärk ühtlustada liikmesriikide osalusoptsioonidest saadud tulu maksustamise süsteemi.
Selle määruse õiguslik alus on ELTL artikkel 114, kuid otseseid makse ühtlustavad õigusnormid peavad põhinema ELTL artiklil 115, mille alusel saab õigusakti vorm olla direktiiv, mis vajab vastuvõtmiseks ühehäälsust. Maksuõigust ühtlustavaid norme ei saa kehtestada kvalifitseeritud häälteenamusega vastuvõetavate otsekohalduvate määrustega. Seetõttu oleme seisukohal, et artikli 79 koht ei ole selles määruses.

BEFIT ja HOTS ettepanekust:
12. septembril 2023 tuli Euroopa Komisjon välja direktiivi eelnõuga, millega kehtestatakse äriühingu tulumaksu ühtne raamistik (BEFIT). Eelnõu sätestab ELi-üleselt ettevõtte tulumaksu maksubaasi arvutamise ja ka kasumi jaotamise reeglid suurtele kontsernide, mille aastatulu on vähemalt 750 miljonit eurot kahel maksustamisaastal viimasest neljast maksustamisaastast. Väiksematele kontsernidele oleks süsteemi rakendamine vabatahtlik. Euroopa Komisjoni hinnangul BEFIT  vähendab kontsernide maksukohustuste täitmisega seotud kulusid (eelkõige nende kontsernide, kes tegutsevad rohkem kui ühes liikmesriigis), ning hõlbustab maksuhalduril õiget maksukohustust kindlaks määrata. Ettepanek põhineb OECD ülemaailmse miinimummaksu kokkuleppel ja vastaval ELi direktiivil.
 Võrreldes Eestis kehtiva ettevõtte tulumaksusüsteemiga, mida on maksuhalduril kerge administreerida  ning mille nõudeid on äriühingutel suhteliselt lihtne täita, tähendaks BEFITi äriühingute tulumaksustamise raamistik paralleelselt toimiva mahuka ja keerulise süsteemi juurutamist.
Samal ajal (12.09.2023) esitas Komisjon ka direktiivi eelnõu (nn HOT), millega soovitakse kehtestada mikro-, väikeste ja keskmise suurusega ettevõtjate peakontori maksustamise süsteem. Eesmärk on soodustada selliste ettevõtjate tegevuse piiriülest laiendamist ja hõlbustada nende püsiva tegevuskoha kaudu teises liikmesriigis tegutsemisega kaasneva tulumaksukohustuse täitmist. Selleks näeb direktiiv ette püsiva tegevuskoha maksukohustuse arvutamise ettevõtja peakontori asukohariigi maksureeglite kohaselt, rakendades püsiva tegevuskoha asukohariigis kehtivat maksumäära, ja maksusumma kandmise püsiva tegevuskoha asukohariiki. 
Eesti jaoks on probleemne nii (erinevate maksureeglite alusel tegutsevate) äriühingute ebavõrdne konkurentsiolukord kui ka direktiivi rakendamisega kaasnev maksuhalduri töökoormuse oluline suurenemine, mis ei pruugi olla proportsionaalne direktiivi võimaliku positiivse mõjuga. Samuti ei ole selge, kuidas toimiksid direktiivis sätestatud tulumaksukohustuse arvutamise ja määramise põhimõtted Eestis kehtiva edasilükatud kasumi maksustamise süsteemi kontekstis.

Üldine märkus:
„"Tingimata on vaja välja selgitada riskid, mis kaasnevad nö riigipiiride hägustumisega ja leida võimalused neid riske usaldusväärselt maandada. Kui riske maandada ei ole võimalik, siis ei saa seda algatust toetada. Meil pole vaja veel ühte ettevõtlusvormi, millega hõlpsalt maksukohustuste ja võlgade otsad vette lasta."
Käibemaksukohustuslase numbrist:
Määruse ettepaneku artikkel 13 näeb ette, et KOM kehtestab ühtse taotlusvormi BRIS süsteemis esitamiseks, mis katab ära vajaliku teabe äriregistris registreerimiseks ja ka maksukohustuslasena ning KM kohustuslasena registreerimiseks. KM numbri taotlemiseks ettevõtja ei pea esitama MTA-le eraldi taotlust vaid taotlus edastatakse automaatselt MTA-le. KM numbri andmise osas toimub kommunikatsioon otse taotlejaga. Seega MTA infosüsteemid peavad võimaldama taotleda KM numbrit selle määruse alusel kehtestatud taotluse alusel. See kindlasti tekitab IT kulu - üks eraldi vormiga "kanal" tekib KM numbri taotlemiseks juurde. Jääb arusaamatuks, kas MTA süsteemid peaksid liidestuma BRIS-ga või hakkab see protsess toimuma läbi äriregistri. Täna saab ka KM numbrit taotleda ettevõtte asutamisel ka äriregistri infosüsteemi kaudu (x-tee).
KOM kehtestatav taotlusvorm peab universaalselt ära katma kõikide EL riikides KM numbri taotlemiseks vajalikud andmed - see tundub olevat juba omaette väljakutse. Art 20 (3) alusel  EU Inc. ei ole kohustatud esitama täiendavat teavet, välja arvatud juhul, kui seda ei saa mujalt kätte ja on rangelt vajalik KM numbri väljastamiseks. Seega MTA-l on piiratud võimalus täiendavate andmete küsimiseks ja see on risk. Automaatse taotluse esitamise ja KM numbri väljastamise protsessis peab MTA-le jääma piisav kontrollivõimalus. 
Optsioonidest:
Määruse artikkel 79 lõike 2 kohaselt tekib artikli 78 tingimustele vastavast osalusoptsioonist tulu hetkel, kui optsiooni aluseks olnud osalus võõrandatakse ja seda tulu võib maksustada alates sellest hetkest. Praegu maksustavad mõned EL liikmesriigid osalusoptsiooni vahetamist osaluse vastu optsiooni andnud äriühingus (või sellega seotud ühingus) ehk hetkel, mil optsiooniomanikul rahalist tulu tekkinud ei ole. Seega on artikli 79 eesmärk ühtlustada liikmesriikide osalusoptsioonidest saadud tulu maksustamise süsteemi.
Selle määruse õiguslik alus on ELTL artikkel 114, kuid otseseid makse ühtlustavad õigusnormid peavad põhinema ELTL artiklil 115, mille alusel saab õigusakti vorm olla direktiiv, mis vajab vastuvõtmiseks ühehäälsust. Maksuõigust ühtlustavaid norme ei saa kehtestada kvalifitseeritud häälteenamusega vastuvõetavate otsekohalduvate määrustega. Seetõttu oleme seisukohal, et artikli 79 koht ei ole selles määruses.

BEFIT ja HOTS ettepanekust:
12. septembril 2023 tuli Euroopa Komisjon välja direktiivi eelnõuga, millega kehtestatakse äriühingu tulumaksu ühtne raamistik (BEFIT). Eelnõu sätestab ELi-üleselt ettevõtte tulumaksu maksubaasi arvutamise ja ka kasumi jaotamise reeglid suurtele kontsernide, mille aastatulu on vähemalt 750 miljonit eurot kahel maksustamisaastal viimasest neljast maksustamisaastast. Väiksematele kontsernidele oleks süsteemi rakendamine vabatahtlik. Euroopa Komisjoni hinnangul BEFIT  vähendab kontsernide maksukohustuste täitmisega seotud kulusid (eelkõige nende kontsernide, kes tegutsevad rohkem kui ühes liikmesriigis), ning hõlbustab maksuhalduril õiget maksukohustust kindlaks määrata. Ettepanek põhineb OECD ülemaailmse miinimummaksu kokkuleppel ja vastaval ELi direktiivil.
 Võrreldes Eestis kehtiva ettevõtte tulumaksusüsteemiga, mida on maksuhalduril kerge administreerida  ning mille nõudeid on äriühingutel suhteliselt lihtne täita, tähendaks BEFITi äriühingute tulumaksustamise raamistik paralleelselt toimiva mahuka ja keerulise süsteemi juurutamist.
Samal ajal (12.09.2023) esitas Komisjon ka direktiivi eelnõu (nn HOT), millega soovitakse kehtestada mikro-, väikeste ja keskmise suurusega ettevõtjate peakontori maksustamise süsteem. Eesmärk on soodustada selliste ettevõtjate tegevuse piiriülest laiendamist ja hõlbustada nende püsiva tegevuskoha kaudu teises liikmesriigis tegutsemisega kaasneva tulumaksukohustuse täitmist. Selleks näeb direktiiv ette püsiva tegevuskoha maksukohustuse arvutamise ettevõtja peakontori asukohariigi maksureeglite kohaselt, rakendades püsiva tegevuskoha asukohariigis kehtivat maksumäära, ja maksusumma kandmise püsiva tegevuskoha asukohariiki. 
Eesti jaoks on probleemne nii (erinevate maksureeglite alusel tegutsevate) äriühingute ebavõrdne konkurentsiolukord kui ka direktiivi rakendamisega kaasnev maksuhalduri töökoormuse oluline suurenemine, mis ei pruugi olla proportsionaalne direktiivi võimaliku positiivse mõjuga. Samuti ei ole selge, kuidas toimiksid direktiivis sätestatud tulumaksukohustuse arvutamise ja määramise põhimõtted Eestis kehtiva edasilükatud kasumi maksustamise süsteemi kontekstis.